Protein–RNA interactions for Protein: Q9P1Q0

VPS54, Vacuolar protein sorting-associated protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 977 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS54Q9P1Q0 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 RAB43-208ENST00000615093 783 ntTSL 5 BASIC24.55■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.54■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 MFSD14C-201ENST00000375223 619 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
VPS54Q9P1Q0 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ATP5C1-202ENST00000356708 1163 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 FRMD3-204ENST00000376438 2198 ntTSL 2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.49■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 HACD1-201ENST00000326961 773 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
VPS54Q9P1Q0 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33.3 ms