Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 NDUFS3-201ENST00000263774 958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 METTL23-201ENST00000341249 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 LRRC3C-201ENST00000377924 891 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 GDNF-203ENST00000381826 778 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 GDNF-204ENST00000427982 856 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AC093817.1-201ENST00000507296 812 ntTSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 RTCA-202ENST00000370126 538 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 ADAMTS13-204ENST00000371911 1155 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AUTS2-203ENST00000406775 5950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AC138649.1-201ENST00000619611 1449 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 RNF208-202ENST00000392827 1135 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 FNDC3B-204ENST00000421757 946 ntTSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 AC087623.3-201ENST00000607047 1098 ntBASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
PCIF1Q9H4Z3 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 RARRES2P6-201ENST00000567333 442 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 MIR31HG-201ENST00000304425 745 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AP003071.3-201ENST00000562506 366 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 RNF114-202ENST00000622920 1284 ntTSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 FOXB2-201ENST00000376708 1299 ntAPPRIS P1 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AC008105.3-201ENST00000586376 844 ntTSL 3 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
PCIF1Q9H4Z3 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.6 ms