Protein–RNA interactions for Protein: Q92900

UPF1, Regulator of nonsense transcripts 1, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 1,129 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UPF1Q92900 TMEM41A-202ENST00000382227 541 ntTSL 427.84■■■□□ 2.056e-8■■■■■ 28.8
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UPF1Q92900 ITPK1-202ENST00000354313 2803 ntTSL 1 (best) BASIC18.21■□□□□ 0.514e-7■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 ITPK1-210ENST00000556603 3174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.42■□□□□ 0.224e-7■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 ITPK1-207ENST00000555495 3035 ntTSL 1 (best) BASIC15.9■□□□□ 0.144e-7■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 ITPK1-201ENST00000267615 6066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.89□□□□□ -0.034e-7■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 TMEM192-203ENST00000506087 2225 ntTSL 2 BASIC14.9□□□□□ -0.027e-7■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 RPL7L1-208ENST00000493763 4476 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.7□□□□□ -1.021e-8■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 RPL7L1-201ENST00000304734 3769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.95□□□□□ -1.141e-8■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 ALG12-202ENST00000486602 674 ntTSL 317.35■□□□□ 0.375e-7■■■■■ 28.8
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UPF1Q92900 ACTN4-205ENST00000477174 544 ntTSL 318.62■□□□□ 0.573e-26■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 ACTN4-203ENST00000424234 1566 ntTSL 1 (best) BASIC17.91■□□□□ 0.463e-26■■■■■ 28.8
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UPF1Q92900 ASB6-202ENST00000277459 2180 ntTSL 1 (best) BASIC19.35■□□□□ 0.694e-6■■■■■ 28.8
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UPF1Q92900 PROSER3-211ENST00000544158 1074 ntTSL 517.09■□□□□ 0.338e-7■■■■■ 28.8
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UPF1Q92900 CDC5L-201ENST00000371477 6423 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.77□□□□□ -1.175e-7■■■■■ 28.8
UPF1Q92900 PREB-207ENST00000456259 1105 ntTSL 216.47■□□□□ 0.232e-9■■■■■ 28.7
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UPF1Q92900 CAPNS1-205ENST00000588780 1035 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC34.05■■■■□ 3.048e-10■■■■■ 28.7
UPF1Q92900 MREG-205ENST00000620139 2618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.87■□□□□ 0.451e-7■■■■■ 28.7
UPF1Q92900 CRY2-202ENST00000443527 4203 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.34□□□□□ -0.272e-7■■■■■ 28.7
UPF1Q92900 CRY2-212ENST00000616623 4204 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.92□□□□□ -0.342e-7■■■■■ 28.7
UPF1Q92900 RANBP3-220ENST00000591092 1783 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.047e-7■■■■■ 28.7
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UPF1Q92900 RANBP3-206ENST00000586344 2554 ntTSL 214.58□□□□□ -0.087e-7■■■■■ 28.7
UPF1Q92900 KMT2D-201ENST00000301067 19419 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC5.31□□□□□ -1.567e-8■■■■■ 28.7
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UPF1Q92900 UNC5B-202ENST00000373192 6451 ntTSL 1 (best) BASIC14.06□□□□□ -0.165e-7■■■■■ 28.7
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UPF1Q92900 ADAMTS14-202ENST00000373208 5269 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC15.18■□□□□ 0.023e-11■■■■■ 28.7
UPF1Q92900 ADAMTS14-201ENST00000373207 5260 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.16■□□□□ 0.023e-11■■■■■ 28.7
UPF1Q92900 ALG12-201ENST00000330817 5350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.114e-7■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 LRRC47-201ENST00000378251 4310 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.38■□□□□ 0.371e-8■■■■■ 28.6
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UPF1Q92900 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.341e-7■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 DBNL-217ENST00000468694 2068 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.151e-7■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 DBNL-211ENST00000449997 2169 ntTSL 221.23■□□□□ 0.991e-7■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 DBNL-221ENST00000497184 4090 ntTSL 1 (best)13.01□□□□□ -0.331e-7■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 DBNL-204ENST00000432854 9618 ntTSL 511.61□□□□□ -0.551e-7■■■■■ 28.6
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UPF1Q92900 CALM3-204ENST00000482455 650 ntTSL 412.19□□□□□ -0.467e-21■■■■■ 28.6
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UPF1Q92900 CD59-209ENST00000527926 633 ntTSL 312.63□□□□□ -0.396e-8■■■■■ 28.6
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UPF1Q92900 DDRGK1-201ENST00000354488 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.072e-7■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 DDRGK1-204ENST00000496781 865 ntTSL 1 (best)16.75■□□□□ 0.272e-7■■■■■ 28.6
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UPF1Q92900 REEP2-202ENST00000378339 2170 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.21■□□□□ 0.832e-6■■■■■ 28.6
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UPF1Q92900 PPIL1-201ENST00000373699 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.23□□□□□ -1.097e-16■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.99■□□□□ 0.951e-8■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 PHF2-202ENST00000375376 3045 ntTSL 5 BASIC18.04■□□□□ 0.481e-8■■■■■ 28.6
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UPF1Q92900 JAK3-203ENST00000527031 2809 ntTSL 215.5■□□□□ 0.071e-8■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 CES3-202ENST00000394037 3817 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC13.94□□□□□ -0.182e-8■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 CES3-201ENST00000303334 3834 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC13.64□□□□□ -0.232e-8■■■■■ 28.6
UPF1Q92900 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.492e-7■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ADM-208ENST00000534464 1640 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.32e-7■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC21.83■■□□□ 1.092e-7■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ADM-201ENST00000278175 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.62■□□□□ 0.412e-7■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 TIPRL-202ENST00000367833 3032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.441e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IBA57-201ENST00000366711 7817 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC15□□□□□ -0.011e-6■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IBA57-202ENST00000484749 9815 ntTSL 512.31□□□□□ -0.441e-6■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ERAL1-201ENST00000254928 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC15.76■□□□□ 0.119e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ERAL1-203ENST00000461894 1628 ntTSL 1 (best)15.57■□□□□ 0.089e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ERAL1-208ENST00000583487 695 ntTSL 314.4□□□□□ -0.19e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ERAL1-204ENST00000471992 1508 ntTSL 511.33□□□□□ -0.69e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 WFS1-202ENST00000503569 3255 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC11.07□□□□□ -0.641e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ASIC4-205ENST00000474489 2403 ntTSL 1 (best)18.12■□□□□ 0.491e-10■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ASIC4-201ENST00000347842 2684 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.59■□□□□ 0.411e-10■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 ASIC4-202ENST00000358078 2741 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.251e-10■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IST1-205ENST00000439924 1841 ntTSL 516.91■□□□□ 0.31e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IST1-206ENST00000456820 2031 ntTSL 514.33□□□□□ -0.121e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IST1-201ENST00000329908 2356 ntTSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.291e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IST1-202ENST00000378798 2255 ntTSL 1 (best) BASIC13.18□□□□□ -0.31e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IST1-203ENST00000378799 4843 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.73□□□□□ -0.371e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IST1-226ENST00000606369 3583 ntTSL 2 BASIC9.69□□□□□ -0.861e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 IST1-208ENST00000535424 4082 ntTSL 5 BASIC8.3□□□□□ -1.081e-8■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 LEPR-204ENST00000371059 3079 ntTSL 1 (best) BASIC13.48□□□□□ -0.258e-9■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 LEPROT-201ENST00000371065 4622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.65□□□□□ -0.388e-9■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 LEPROT-206ENST00000613538 4625 ntTSL 1 (best) BASIC7.76□□□□□ -1.178e-9■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 LEPR-205ENST00000371060 5135 ntTSL 1 (best) BASIC7.65□□□□□ -1.188e-9■■■■■ 28.5
UPF1Q92900 LEPR-202ENST00000349533 8227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.06□□□□□ -1.768e-9■■■■■ 28.5
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