Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 HERC2P5-204ENST00000569697 1214 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 PAQR4-205ENST00000576565 842 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 PEX5-205ENST00000420616 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 TMEM159-201ENST00000233047 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 NPAS3-206ENST00000548645 2926 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CEACAM4-201ENST00000221954 1205 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 COX5B-201ENST00000258424 712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AC005697.1-201ENST00000582441 582 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CEACAM4-203ENST00000600925 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 WDR86-207ENST00000621812 1542 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CREB3L3-202ENST00000595923 1491 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 FMNL2-201ENST00000288670 5575 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CREB1-205ENST00000430624 2005 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 NRXN1-205ENST00000401710 2873 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 TMEM218-201ENST00000279968 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 OAS3-207ENST00000551007 998 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 KLF13-207ENST00000560473 489 ntTSL 3 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 MFSD14C-203ENST00000602917 786 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 FGFRL1-203ENST00000504138 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 ACSF2-203ENST00000502667 2098 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CASK-201ENST00000378154 2494 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 NFS1-201ENST00000306750 738 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 EIF5A-205ENST00000419711 1271 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CAMTA1-216ENST00000557126 486 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AC007216.1-201ENST00000570197 601 ntTSL 4 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 RALB-201ENST00000272519 2344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 UNC119-202ENST00000335765 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 DENND5A-201ENST00000328194 5031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 IQCJ-SCHIP1-201ENST00000412423 2067 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC21.35■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 ONECUT3-201ENST00000382349 8318 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 BIN1-209ENST00000393040 2293 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 ARL6IP4-205ENST00000412505 818 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 NDUFS3-207ENST00000529276 558 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 SLC7A5P2-201ENST00000553010 536 ntBASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 SIN3B-209ENST00000596802 2556 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 TYMP-202ENST00000395678 1614 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 METTL15-202ENST00000403099 795 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AL138781.1-201ENST00000566567 1274 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
HDDC3Q8N4P3 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 PITX2-209ENST00000557119 1889 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 GPSM1-204ENST00000429455 2057 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 KREMEN2-204ENST00000572045 2339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
HDDC3Q8N4P3 PCSK6-218ENST00000619160 3093 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 24.3 ms