Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SLC2A11-202ENST00000316185 1555 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 IMPDH1-210ENST00000480861 1765 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 NPHS2-201ENST00000367615 1855 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 BHLHA15-201ENST00000314018 706 ntAPPRIS P1 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC069152.1-201ENST00000438030 544 ntBASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 BHLHA15-202ENST00000609256 796 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.61■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ARX-201ENST00000379044 2876 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 UBE2S-201ENST00000264552 2548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.6■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 KLHL36-201ENST00000258157 1974 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 NAT16-204ENST00000455377 1492 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 RCN2-201ENST00000320963 1750 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 C19orf81-201ENST00000425202 765 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC133552.2-202ENST00000575694 574 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC233723.2-201ENST00000623798 2106 ntBASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 SDK1-201ENST00000389531 7606 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 RASSF10-201ENST00000529419 2530 ntAPPRIS P1 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 USP45-202ENST00000329966 1444 ntTSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 AC073210.2-201ENST00000430369 194 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.05
USP39Q53GS9 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ASRGL1-202ENST00000415229 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.58■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 EFCC1-201ENST00000436022 2691 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 RGS6-209ENST00000553525 2005 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 OSR2-210ENST00000523368 1519 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 TRAPPC5-201ENST00000317378 790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 SBK2-201ENST00000344158 1056 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 XXYLT1-202ENST00000356740 564 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 SBK2-202ENST00000413299 1085 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 NDUFB10-204ENST00000569148 628 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC010536.3-201ENST00000620306 533 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 RAPSN-205ENST00000529341 1408 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MRPL39-201ENST00000307301 1199 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 FMR1-202ENST00000334557 1295 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MRPL39-202ENST00000352957 1110 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 FNDC11-201ENST00000370097 1119 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MCHR1-202ENST00000381433 1219 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 FADS3-204ENST00000525588 1254 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 DCPS-201ENST00000263579 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 SAP30L-201ENST00000297109 6226 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AP000282.1-201ENST00000454622 682 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC099522.1-201ENST00000505955 881 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 MIR4651-201ENST00000582622 73 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
USP39Q53GS9 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
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