Protein–RNA interactions for Protein: Q13485

SMAD4, Mothers against decapentaplegic homolog 4, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SMAD4Q13485 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 GATS-209ENST00000454084 1030 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 FAM197Y4-202ENST00000622692 608 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 FLYWCH2-202ENST00000396958 1036 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 MTFP1-203ENST00000407550 912 ntTSL 2 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AC016588.1-201ENST00000591533 542 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 MAPK14-210ENST00000622903 1003 ntTSL 5 BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 PTX4-203ENST00000447419 1516 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 ASB18-201ENST00000409749 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AC008403.3-201ENST00000598924 454 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 SLC35A2-213ENST00000635015 1008 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 DDN-AS1-202ENST00000547866 2114 ntTSL 3 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 TMED2-201ENST00000262225 2560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 KLF1-201ENST00000264834 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 MIF4GD-202ENST00000325102 1306 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 DUSP18-205ENST00000404885 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 PLA2G15-202ENST00000413021 1346 ntTSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 GAR1-201ENST00000226796 1224 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 CXCL3-201ENST00000296026 1075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 C10orf76-201ENST00000311122 724 ntTSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 FAM72A-203ENST00000367129 676 ntTSL 3 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 FAM72A-205ENST00000468509 629 ntTSL 5 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 LRRC24-201ENST00000529415 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.15■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 HOMER2-201ENST00000304231 1990 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.14
SMAD4Q13485 CEBPD-201ENST00000408965 2178 ntAPPRIS P1 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 METTL27-201ENST00000297873 941 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 CAPN10-203ENST00000352879 862 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AL121761.1-202ENST00000412571 415 ntTSL 2 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 MAGI2-AS3-202ENST00000422093 762 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AL390719.1-201ENST00000427998 977 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 RPPH1-201ENST00000516869 333 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 JPT2-204ENST00000561516 1065 ntTSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AC244517.4-202ENST00000624089 484 ntTSL 3 BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 KRT16P2-201ENST00000414673 1423 ntBASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.14■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 RNASET2-214ENST00000620173 1391 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 RHOG-202ENST00000396978 1066 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AC114730.2-201ENST00000417267 668 ntTSL 3 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC22.13■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 KCNIP1-203ENST00000390656 2249 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 RAC3-201ENST00000306897 1090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 EGFL7-202ENST00000371698 1282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 A3GALT2-201ENST00000442999 1023 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 C1QBPP2-201ENST00000528754 825 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 GRAMD1B-209ENST00000533341 707 ntTSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 PHOSPHO2-206ENST00000616481 1252 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 PHOSPHO2-208ENST00000617738 1053 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 REXO1L12P-201ENST00000622156 912 ntBASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 SMPD5-201ENST00000528912 1390 ntTSL 5 BASIC22.12■■□□□ 1.13
SMAD4Q13485 RORA-204ENST00000449337 1701 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.11■■□□□ 1.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms