Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 AC012645.1-201ENST00000515455 1650 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
IFT88Q13099 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
IFT88Q13099 TUBGCP3-204ENST00000464139 2461 ntTSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
IFT88Q13099 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 HAND2-AS1-237ENST00000616485 2420 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CCDC47-202ENST00000403162 2195 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TMUB1-201ENST00000297533 1353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 AP006284.1-201ENST00000527620 2210 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ARRDC2-201ENST00000222250 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 RBKS-201ENST00000302188 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ISLR2-204ENST00000453268 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 NYX-202ENST00000378220 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 PCDHA13-203ENST00000617769 2427 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ATP6V0E2-203ENST00000456496 2722 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ATP6V0E2-213ENST00000615196 2727 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 EMILIN2-201ENST00000254528 5910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TMEM8A-204ENST00000431232 3691 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ASCC1-205ENST00000394919 2683 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 AC016065.1-201ENST00000500118 2413 ntTSL 2 BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 SMTNL2-202ENST00000389313 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 KCNS3-201ENST00000304101 2333 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 KDM2A-202ENST00000398645 6511 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TSPY9P-201ENST00000440215 945 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TSPY11P-201ENST00000442607 1045 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 AC010997.5-201ENST00000609182 354 ntBASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MAP3K15-201ENST00000338883 4012 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CBWD1-203ENST00000377400 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MGAT5B-201ENST00000301618 4486 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 STK19-201ENST00000375331 1663 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 AC007326.4-201ENST00000638240 1669 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 HIC1-207ENST00000619757 6711 ntTSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 AC138696.1-201ENST00000522452 2897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 DNAAF3-207ENST00000527223 2228 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CBLN2-201ENST00000269503 2945 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MARK2-208ENST00000508192 2924 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CRMP1-201ENST00000324989 3146 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 AC110285.2-201ENST00000571724 1565 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MAPK9-208ENST00000455781 4336 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
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IFT88Q13099 FADS6-203ENST00000612771 2154 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 KIRREL2-202ENST00000347900 2015 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 DVL1-204ENST00000610709 2268 ntTSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 NEURL4-203ENST00000570460 4890 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.49■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 RABL2B-206ENST00000395598 2169 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TBL1Y-203ENST00000383032 2407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 UBL7-202ENST00000395081 1427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 UNC119-201ENST00000301032 1653 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
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IFT88Q13099 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 NKIRAS2-209ENST00000479407 992 ntTSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 PKIG-206ENST00000372892 1338 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ACOT2-201ENST00000238651 1774 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ZFP69-202ENST00000372706 2871 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 FAM129C-203ENST00000449408 2004 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.47■■□□□ 1.03
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IFT88Q13099 EXOG-217ENST00000630638 197 ntTSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CDKN2C-203ENST00000396148 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 MAPRE3-203ENST00000405074 1801 ntTSL 3 BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TRAPPC5-204ENST00000596148 5498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 DNAJB5-201ENST00000312316 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 AC087289.5-201ENST00000586076 3175 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TSNAXIP1-202ENST00000415766 2338 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 EYA2-210ENST00000611592 2612 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 SET-201ENST00000322030 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 SMARCD1-201ENST00000381513 3237 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 ZNF513-202ENST00000407879 2077 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 YTHDF3-213ENST00000621820 2363 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CCDC85B-201ENST00000312579 1524 ntAPPRIS P1 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 PDLIM3-212ENST00000620787 2352 ntTSL 4 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 LINC01529-204ENST00000636474 1715 ntBASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 TUBA4A-202ENST00000392088 2499 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 KLC1-208ENST00000452929 2453 ntTSL 5 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC21.46■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 RMI2-201ENST00000312499 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.03
IFT88Q13099 CADPS-201ENST00000283269 4591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
IFT88Q13099 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC21.45■■□□□ 1.02
IFT88Q13099 GPR6-202ENST00000414000 1945 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 135.7 ms