Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 BRSK2-212ENST00000531197 3163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 RPL8-201ENST00000262584 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 LAYN-201ENST00000375614 2066 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AC027612.3-201ENST00000413684 1047 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 FAM66D-201ENST00000434078 918 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 Z97653.1-201ENST00000567096 446 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 MPPED1-203ENST00000443721 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 SPIRE2-202ENST00000393062 2172 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NFKBIL1-203ENST00000376148 1478 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 ELOA3B-201ENST00000611323 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 ELOA3D-201ENST00000620881 1641 ntAPPRIS P1 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 GUK1-205ENST00000366722 850 ntTSL 3 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 FOXK2-201ENST00000335255 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 INPPL1-201ENST00000298229 4733 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.15
HDAC4P56524 STEAP2-204ENST00000394626 2456 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CDKN1C-204ENST00000440480 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 P4HTM-202ENST00000383729 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 RAPH1-210ENST00000453034 2394 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 SRP68-201ENST00000307877 2649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 NRXN2-205ENST00000409571 6381 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 SCRN2-212ENST00000584123 1745 ntTSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 ILDR2-206ENST00000528703 2446 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CENPS-CORT-201ENST00000400900 1469 ntTSL 2 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 AC019069.1-201ENST00000610008 1333 ntBASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 AK1-201ENST00000223836 736 ntTSL 3 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 LBX2-202ENST00000377566 1186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.18■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 AC092675.2-201ENST00000413274 541 ntTSL 4 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.17■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 TANGO2-212ENST00000434570 2180 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 KDM3B-201ENST00000314358 6813 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
HDAC4P56524 SMPD2-201ENST00000258052 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.16■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.5 ms