Protein–RNA interactions for Protein: P49711

CTCF, Transcriptional repressor CTCF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 727 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CTCFP49711 SHISA4-201ENST00000362011 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CTCFP49711 CUTC-202ENST00000370476 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CTCFP49711 SMOX-203ENST00000339123 2074 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 RAB29-203ENST00000414729 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 GCC2-AS1-202ENST00000440975 574 ntTSL 4 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 AZIN1-AS1-215ENST00000522939 644 ntTSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 DCAF4-206ENST00000509153 1521 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CTCFP49711 DPF1-209ENST00000456296 1562 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CTCFP49711 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CTCFP49711 IFI27L2-201ENST00000238609 511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CTCFP49711 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CTCFP49711 MIR381HG-201ENST00000553692 425 ntTSL 3 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CTCFP49711 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC24.84■■□□□ 1.57
CTCFP49711 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CTCFP49711 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CTCFP49711 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CTCFP49711 REPIN1-217ENST00000518514 478 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CTCFP49711 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CTCFP49711 TMEM51-205ENST00000434578 1861 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CTCFP49711 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CTCFP49711 SPAG16-209ENST00000447990 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CTCFP49711 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CTCFP49711 ARHGEF35-201ENST00000378115 2431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CTCFP49711 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CTCFP49711 NDUFS6-202ENST00000469176 550 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CTCFP49711 RNF146-204ENST00000476956 884 ntTSL 2 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC060766.5-201ENST00000590539 871 ntBASIC24.82■■□□□ 1.56
CTCFP49711 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CTCFP49711 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 MYO10-205ENST00000507288 1677 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 SLC19A1-202ENST00000380010 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 FUT11-201ENST00000372841 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 MDK-201ENST00000359803 985 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 USF2-203ENST00000379134 648 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 RPS2P55-201ENST00000397318 883 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 NDUFA13-201ENST00000428459 576 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC107956.1-201ENST00000494359 873 ntBASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC027682.2-201ENST00000563083 336 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 NOXO1-205ENST00000566005 1144 ntTSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 CCDC106-202ENST00000586790 2162 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CTCFP49711 MRPS7-203ENST00000579002 1638 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 CDC16-204ENST00000360383 2211 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 CYYR1-202ENST00000400043 735 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC099329.3-201ENST00000431549 602 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 DBNL-214ENST00000456905 1241 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC004080.6-201ENST00000467897 919 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC026412.1-201ENST00000507290 1033 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 LINC02256-201ENST00000561999 366 ntTSL 3 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 ART5-202ENST00000397067 1154 ntTSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC136628.4-201ENST00000520758 535 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 DHDH-203ENST00000522614 776 ntTSL 5 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC005225.2-202ENST00000617980 408 ntTSL 4 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC24.79■■□□□ 1.56
CTCFP49711 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 PRR35-201ENST00000409413 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 DLG3-203ENST00000374360 5905 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 PDZRN3-202ENST00000308537 1136 ntTSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 LSM12P1-201ENST00000411836 588 ntBASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 RPL29-209ENST00000495383 713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 SBF2-AS1-202ENST00000499953 854 ntTSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 TNNT1-208ENST00000587465 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CTCFP49711 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 C6orf201-202ENST00000380175 1834 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 CMTM7-202ENST00000349718 1214 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 RABL2A-202ENST00000393165 1118 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 ZDHHC20-204ENST00000415724 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 SPINK2-202ENST00000504762 659 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 TMEM41B-203ENST00000527813 803 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 REXO2-216ENST00000544196 452 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 ATP6V0C-203ENST00000565223 668 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 ATP6V0C-204ENST00000568562 477 ntTSL 3 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 MIR4785-201ENST00000585005 73 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 ATP6V0E2-211ENST00000606024 893 ntTSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 SMN1-211ENST00000625245 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 SMN2-215ENST00000628696 885 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 RFC2-201ENST00000055077 1695 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CTCFP49711 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 AL390728.5-201ENST00000428687 706 ntTSL 3 BASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 TSPY15P-201ENST00000457163 923 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 TNIK-208ENST00000465393 750 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CTCFP49711 MRPL2-207ENST00000487429 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms