Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 EDA-209ENST00000525810 843 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 EDA-210ENST00000527388 927 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 TMEM179B-205ENST00000533861 797 ntTSL 5 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 MAL2-204ENST00000614891 2818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 TERF1-202ENST00000276603 1677 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 RHBDD2-201ENST00000006777 1802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC28.35■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 NPAS1-202ENST00000449844 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.35■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 PLAGL1-207ENST00000417959 1645 ntTSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 SNAP23-214ENST00000567094 834 ntTSL 3 BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AC011767.1-201ENST00000617410 1153 ntBASIC28.34■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 OIP5-AS1-202ENST00000501665 1384 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 SPHK1-201ENST00000323374 2138 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 CNN2P6-201ENST00000439038 900 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AC080013.1-202ENST00000465477 674 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 EXD3-208ENST00000479452 962 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 KRT18P20-201ENST00000548986 1279 ntBASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 LINC01184-201ENST00000499346 1380 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 FIZ1-201ENST00000221665 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 COCH-205ENST00000475087 1997 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 HSF2BP-201ENST00000291560 1899 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 BX322557.1-202ENST00000400362 1460 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 BRI3-207ENST00000539286 699 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 DUX4L16-201ENST00000555130 1264 ntBASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 KLK9-202ENST00000594211 754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 BEST2-204ENST00000553030 2000 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 VPS13B-204ENST00000441350 1626 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 PUS1-203ENST00000443358 1664 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 COMMD5-207ENST00000543949 1571 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 MRAS-202ENST00000423968 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 PNLIPRP2-204ENST00000591655 1456 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CREG1-201ENST00000370509 1974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 RARA-202ENST00000394081 2285 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 TMEM218-207ENST00000528724 1117 ntTSL 5 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 TMEM218-214ENST00000532156 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 AL050303.2-201ENST00000619798 666 ntBASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 AIDA-202ENST00000355727 1072 ntTSL 5 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CROCCP5-201ENST00000436658 830 ntBASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 TRIQK-221ENST00000524107 737 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 C5AR2-202ENST00000600626 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 RARG-204ENST00000543726 1779 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 POFUT1-201ENST00000375730 1507 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 TOR2A-201ENST00000336067 1370 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL3A1P02461 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.9 ms