Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y5I3

PCDHA1, Protocadherin alpha-1, humanhuman

Predictions only

Length 950 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCDHA1Q9Y5I3 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC24.53■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 IQCD-203ENST00000546692 1872 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 AC093833.1-201ENST00000442821 553 ntTSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 AP001363.2-201ENST00000538101 391 ntTSL 3 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 RARRES2P11-201ENST00000635158 484 ntBASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 BMP2K-204ENST00000502871 3195 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.52■■□□□ 1.52
PCDHA1Q9Y5I3 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 OLFM1-206ENST00000371799 961 ntTSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 IZUMO4-203ENST00000395307 944 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 FGF12-AS2-201ENST00000443165 580 ntTSL 4 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF302-209ENST00000507959 854 ntTSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.51■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 VPS53-216ENST00000574029 585 ntTSL 4 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 WWOX-218ENST00000627394 894 ntTSL 5 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.5■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 NEDD8-201ENST00000250495 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM230-210ENST00000612323 1231 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CELF5-201ENST00000292672 1854 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SSX2IP-203ENST00000437941 5843 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.48■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ANKRD19P-205ENST00000473204 2370 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ARMC10-202ENST00000323716 2635 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ZNF784-201ENST00000325351 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CDC14B-202ENST00000375241 5589 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC24.47■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC24.46■■□□□ 1.51
PCDHA1Q9Y5I3 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC24.46■■□□□ 1.51
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18 ms