Protein–RNA interactions for Protein: Q92889

ERCC4, DNA repair endonuclease XPF, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 916 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ERCC4Q92889 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 HOXA11-AS1_1.1-201ENST00000613939 98 ntBASIC24.14■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 NISCH-201ENST00000345716 5238 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 DACH1-201ENST00000611519 4789 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC24.14■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PPP1R12B-212ENST00000480184 1808 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 GNS-207ENST00000542058 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 ERLEC1-202ENST00000378239 2271 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 GRTP1-202ENST00000375430 1834 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 C4orf36-201ENST00000295898 881 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 ZNF746-203ENST00000461958 5051 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PAQR6-212ENST00000540423 1729 ntTSL 3 BASIC24.13■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 DYRK3-202ENST00000367108 2218 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 GLT1D1-204ENST00000442111 2995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 OLFM1-204ENST00000371793 2444 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 RPS6KL1-216ENST00000557413 2425 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 YJEFN3-201ENST00000436027 878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 SMARCA5-AS1-201ENST00000500800 945 ntTSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 ESYT2-201ENST00000251527 5960 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 AFDN-202ENST00000351017 5823 ntTSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 STARD3NL-202ENST00000396013 1365 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PPP3CC-203ENST00000397775 2094 ntTSL 2 BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 C8orf82-201ENST00000313465 2186 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 SRD5A1P1-201ENST00000442297 786 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 MIR4466-201ENST00000606121 54 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 FAM120A-201ENST00000277165 5118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 P2RX4-202ENST00000337233 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 FAM102B-202ENST00000405454 1585 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 RASGEF1C-201ENST00000361132 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 EXOC3L2-202ENST00000413988 2964 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 STRADB-201ENST00000194530 2293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PAXIP1-202ENST00000404141 3827 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 POLR3GL-201ENST00000369313 818 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 RBM38-205ENST00000440234 686 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 ERGIC1-206ENST00000519860 1000 ntTSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 CDC14A-203ENST00000370124 1883 ntTSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 NPNT-204ENST00000453617 2419 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 CPNE9-203ENST00000383832 2068 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 CDK5R2-201ENST00000302625 2508 ntAPPRIS P1 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PMS1-222ENST00000639501 2506 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 OR2I1P-207ENST00000453522 948 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 TRIR-202ENST00000588213 841 ntTSL 3 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 JADE2-204ENST00000402835 2797 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 COCH-201ENST00000216361 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 KCNJ12-202ENST00000583088 5425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 HERC2P8-204ENST00000567073 1988 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 SLC25A24-204ENST00000569674 2357 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 ZNF497-202ENST00000425453 2261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 MGAT4B-201ENST00000292591 2446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 EMC9-201ENST00000216799 835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 KISS1-201ENST00000367194 709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 AL356441.2-201ENST00000443009 864 ntBASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 EED-201ENST00000263360 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
ERCC4Q92889 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 AC073130.3-201ENST00000624389 2278 ntBASIC24.08■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 CLN5-201ENST00000377453 2629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 B4GALNT1-203ENST00000449184 1633 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 FAM110A-206ENST00000541082 1614 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 JPT1-206ENST00000476258 2289 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 SERBP1P1-201ENST00000396021 1160 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 SLC35A3-216ENST00000639221 1032 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 PPP1R3F-203ENST00000466508 1885 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 ZNF446-208ENST00000622313 1884 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 WISP2-203ENST00000372868 1600 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.06■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 ZNF707-201ENST00000358656 2183 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 PHACTR2-203ENST00000367584 2490 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 YBX3-202ENST00000279550 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
ERCC4Q92889 PILRB-207ENST00000448382 2314 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.6 ms