Protein–RNA interactions for Protein: Q70EL1

USP54, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 54, humanhuman

Predictions only

Length 1,684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP54Q70EL1 GPX1-204ENST00000620890 897 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 RBM17P2-201ENST00000616397 1405 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 CCDC74B-203ENST00000409128 789 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 LINC02199-202ENST00000510067 1008 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC092118.2-201ENST00000613495 667 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 ALG1-202ENST00000544428 1419 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 ZBTB42-202ENST00000555360 1411 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC092490.1-203ENST00000514568 1972 ntTSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 NDEL1-201ENST00000334527 2372 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC093787.1-201ENST00000450396 207 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 IL34-204ENST00000566361 1001 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 NKX2-3-202ENST00000622383 1986 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 PML-217ENST00000567543 1404 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 TSPY20P-201ENST00000450910 630 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 LIMD2-206ENST00000578993 602 ntTSL 3 BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 PSME3-210ENST00000590720 998 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 PTPN13-205ENST00000502971 1708 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC243732.1-201ENST00000612648 864 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 CPLX1-203ENST00000505203 2011 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 PLEKHO1-201ENST00000369124 2050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.2
USP54Q70EL1 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 CD44-222ENST00000526025 1052 ntTSL 2 BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ETHE1-205ENST00000600651 1052 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ARSB-202ENST00000396151 2316 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 PNRC1-201ENST00000336032 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 IDH1-AS1-202ENST00000448588 489 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 MAGIX-202ENST00000595224 1238 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ADD3-AS1-204ENST00000627565 388 ntTSL 3 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.75■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 PPP1R14BP2-201ENST00000426284 444 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 TMEM191A-211ENST00000637163 1067 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 GPIHBP1-201ENST00000622500 2282 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 NEU4-204ENST00000405370 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 CACNG2-201ENST00000300105 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ZNF295-AS1-201ENST00000412906 952 ntTSL 1 (best) BASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC28.74■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC28.73■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ZBTB45-205ENST00000600990 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 IL15RA-208ENST00000397251 1046 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 MIPEPP3-201ENST00000412105 444 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 POU5F1P4-201ENST00000413175 1085 ntBASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 EIF4E3-203ENST00000421769 777 ntTSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 IL15RA-221ENST00000620865 1037 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 IL15RA-222ENST00000622442 1160 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 SLC25A11-201ENST00000225665 1897 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 HLA-DPB1-211ENST00000418931 1560 ntAPPRIS P2 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC28.72■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 AC138028.2-201ENST00000440406 1539 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 ASPSCR1-202ENST00000306739 1843 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.71■■■□□ 2.19
USP54Q70EL1 AC008175.2-201ENST00000612840 297 ntBASIC28.7■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.5 ms