Protein–RNA interactions for Protein: Q3L8U1

CHD9, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 9, humanhuman

Predictions only

Length 2,897 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHD9Q3L8U1 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 JOSD2-202ENST00000595669 733 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 LINC00471-201ENST00000313064 1282 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC009052.1-201ENST00000567090 298 ntTSL 3 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AMIGO1-201ENST00000369862 2229 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 PABPN1-202ENST00000397276 2768 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CAVIN3-201ENST00000303927 1174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CD99P1-203ENST00000431582 602 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AL162412.1-201ENST00000567129 965 ntBASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC004771.5-201ENST00000575985 542 ntTSL 4 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 EXOC3-209ENST00000512944 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 PDCD6-206ENST00000507528 1088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 SMUG1-202ENST00000337581 1571 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 IMMP2L-201ENST00000331762 1205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CCDC74B-204ENST00000409234 871 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 ASMTL-AS1-203ENST00000425740 840 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC073050.1-201ENST00000442316 462 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 RNF121-214ENST00000533380 870 ntTSL 3 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 NKAIN4-201ENST00000370307 793 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AVP-201ENST00000380293 619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 AC097641.1-201ENST00000580671 588 ntTSL 4 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 MRAP-201ENST00000303645 935 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CCS-208ENST00000533244 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.9■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 PIAS2-203ENST00000545673 1590 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 LINC01023-201ENST00000606054 436 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
CHD9Q3L8U1 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 EED-207ENST00000528180 1745 ntTSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 RRNAD1-202ENST00000368218 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.89■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 NAE1-202ENST00000359087 1825 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 PIGH-201ENST00000216452 1420 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 SUGCT-209ENST00000628514 1591 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 HCFC1R1-202ENST00000354679 765 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 COL19A1-203ENST00000478620 589 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 FFAR3-202ENST00000594310 1182 ntAPPRIS P1 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 TBC1D10A-201ENST00000215790 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 MDFI-202ENST00000373050 809 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 RPS20-210ENST00000523936 899 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 AC233263.1-201ENST00000578059 224 ntBASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 ACAT1-201ENST00000265838 1761 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 AL357874.1-201ENST00000428948 574 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 IGFBP1-203ENST00000468955 1369 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 PON2-217ENST00000633192 1876 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 STAG3L3-201ENST00000423834 1262 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 AL109797.1-201ENST00000452501 835 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
CHD9Q3L8U1 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.86■■□□□ 1.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30 ms