Protein–RNA interactions for Protein: P49916

LIG3, DNA ligase 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,009 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG3P49916 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AC011498.4-201ENST00000586020 1803 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CCDC185-201ENST00000366875 2054 ntAPPRIS P1 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MTMR9LP-204ENST00000441044 2624 ntTSL 1 (best) BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.26■■□□□ 1.15
LIG3P49916 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 FBXO33-202ENST00000554190 534 ntTSL 3 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NRXN1-226ENST00000626899 2543 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 TMEM161A-202ENST00000450333 1930 ntTSL 2 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PITPNB-205ENST00000455418 2963 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.25■■□□□ 1.15
LIG3P49916 HEY2-201ENST00000368364 2678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AC027682.1-201ENST00000562846 899 ntBASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NAB2-202ENST00000342556 2318 ntTSL 5 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 KLF14-201ENST00000583337 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.24■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MCAT-201ENST00000290429 2056 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CXXC5-201ENST00000302517 2658 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 C2orf82-201ENST00000331342 465 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PACRGL-201ENST00000295290 1937 ntTSL 5 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 POLD2-207ENST00000452185 1659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.23■■□□□ 1.15
LIG3P49916 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 INSM2-201ENST00000307169 3013 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 IPO9-AS1-201ENST00000413035 839 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AC105935.1-201ENST00000424174 422 ntTSL 3 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CA15P2-201ENST00000611168 834 ntBASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 TRIM58-201ENST00000366481 3225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 RASEF-202ENST00000376447 5576 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 CCDC157-202ENST00000399824 1759 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SAMD10-201ENST00000369886 2181 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PABPC1L2A-201ENST00000373519 2237 ntAPPRIS P1 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 PLEKHG4-201ENST00000360461 6782 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.22■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG3P49916 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG3P49916 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG3P49916 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG3P49916 MZF1-203ENST00000594234 2385 ntTSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG3P49916 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.21■■□□□ 1.15
LIG3P49916 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIG3P49916 LINC00094-201ENST00000432807 2300 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.15
LIG3P49916 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 AF106564.1-201ENST00000607058 2553 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ATP9A-202ENST00000338821 8106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ZFP69B-204ENST00000484445 1976 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 UBE2C-202ENST00000335046 737 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ZNRF2P3-201ENST00000424200 374 ntBASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 TCP11-202ENST00000311875 2166 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 BLOC1S4-201ENST00000320776 1617 ntAPPRIS P1 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 GCA-201ENST00000233612 1694 ntTSL 2 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 ZNF395-210ENST00000523095 1790 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.2■■□□□ 1.14
LIG3P49916 GFER-201ENST00000248114 2345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.19■■□□□ 1.14
LIG3P49916 TSPAN17-202ENST00000310032 2550 ntTSL 5 BASIC22.19■■□□□ 1.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.1 ms