Protein–RNA interactions for Protein: P02461

COL3A1, Collagen alpha-1(III) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,466 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL3A1P02461 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC28.47■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 SCN1B-203ENST00000595652 814 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 NBL1-202ENST00000375136 2172 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 FAHD1-202ENST00000382668 1845 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 DHRS2-202ENST00000344777 1678 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC28.45■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
COL3A1P02461 ZNF354A-201ENST00000335815 2484 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 MGAT4D-208ENST00000515354 1806 ntTSL 3 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 HRASLS5-201ENST00000301790 1166 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AC090192.1-201ENST00000517740 490 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 LINC01901-201ENST00000585822 1115 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AL032819.3-201ENST00000640283 925 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 C3orf18-205ENST00000441239 1490 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 C10orf95-201ENST00000625129 1469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 PACRGL-227ENST00000513459 1773 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ASCL2-201ENST00000331289 1852 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AP001160.3-201ENST00000601484 763 ntBASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ARL6IP4-204ENST00000392435 1339 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 WDR86-203ENST00000469830 1691 ntTSL 2 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AC092143.4-201ENST00000570217 559 ntTSL 4 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 LOXL1-201ENST00000261921 2351 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 LRP5L-203ENST00000444995 1714 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.43■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 CAPN10-208ENST00000404753 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 FAM71E1-204ENST00000600100 1281 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 CPOX-201ENST00000264193 2825 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 GCH1-206ENST00000543643 1897 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 LINC01089-202ENST00000429892 1521 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 MAZ-201ENST00000219782 2698 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ZNF444-201ENST00000337080 2042 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 LSR-203ENST00000360798 1963 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 MYCNOS-205ENST00000641950 531 ntBASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 GATA3-AS1-204ENST00000438755 675 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ATP6V0B-205ENST00000472174 1298 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 RNF146-206ENST00000480444 843 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ADA-201ENST00000372874 1539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 MXRA8-203ENST00000445648 2001 ntTSL 2 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 PITX1-205ENST00000506438 1305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 STYXL1-204ENST00000360591 1127 ntTSL 5 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 ABHD14A-204ENST00000491470 674 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 CXCL16-203ENST00000574412 1668 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
COL3A1P02461 LYRM9-201ENST00000379102 501 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AGAP1-IT1-201ENST00000440498 664 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 LYRM9-206ENST00000508862 807 ntTSL 3 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 SPI1-203ENST00000533030 661 ntTSL 2 BASIC28.39■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 HACD1-202ENST00000361271 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 MFSD3-201ENST00000301327 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL3A1P02461 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC28.38■■■□□ 2.13
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.2 ms