Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6I4

USP3, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 3, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP3Q9Y6I4 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AKT1S1-206ENST00000391834 1849 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 TMEM165-201ENST00000381334 1928 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 UCN-201ENST00000296099 795 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 SPATA2L-201ENST00000289805 2335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 PARL-206ENST00000435888 1098 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AP002748.1-201ENST00000504911 580 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC079140.4-201ENST00000507448 529 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 RPLP2-207ENST00000530797 637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 GABARAPL2-205ENST00000568455 646 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 PIP5KL1-202ENST00000388747 2198 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 MRGBP-201ENST00000370487 2781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AP001160.5-201ENST00000636508 485 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ARMC6-201ENST00000269932 2412 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 SPI1-201ENST00000227163 1168 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 JSRP1-201ENST00000300961 1138 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 COX20-201ENST00000366528 568 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC012313.1-204ENST00000444227 462 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 FAXDC2-211ENST00000520968 558 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 PCYT2-203ENST00000538936 5147 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 P4HA2-202ENST00000360568 2313 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 HIST2H2AC-201ENST00000331380 390 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 B3GALT6-201ENST00000379198 2777 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 NIPA2-203ENST00000398013 2280 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
USP3Q9Y6I4 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.45■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 KRTAP5-2-201ENST00000412090 1118 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 ECHDC2-221ENST00000536120 1446 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
USP3Q9Y6I4 DMPK-220ENST00000618091 2503 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 16.9 ms