Protein–RNA interactions for Protein: Q9H9Y2

RPF1, Ribosome production factor 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 349 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPF1Q9H9Y2 CERKL-204ENST00000374970 1392 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.23■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 ANKRD44-204ENST00000409919 1622 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 NR0B1-202ENST00000378970 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 ATE1-AS1-201ENST00000437593 951 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC012414.4-201ENST00000560839 1074 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 GALNS-213ENST00000569433 723 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC060814.5-201ENST00000630916 1074 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AP004608.1-201ENST00000531319 1402 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC004854.2-201ENST00000608450 1441 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 GATA1-202ENST00000376670 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 HIRA-202ENST00000340170 3395 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 ANKHD1-204ENST00000394722 2035 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 ST3GAL5-268ENST00000640982 2465 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 PARD3-202ENST00000346874 5894 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 PARD3-203ENST00000350537 5867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 C5orf38-201ENST00000334000 890 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 TNFRSF18-202ENST00000379265 705 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 PGAP3-204ENST00000429199 970 ntTSL 2 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 GXYLT1P2-201ENST00000433312 1230 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 SFTPC-205ENST00000521315 1046 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 HSD17B14-204ENST00000599157 991 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 PLPP7-202ENST00000372264 2095 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC005906.2-202ENST00000638821 2168 ntTSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
RPF1Q9H9Y2 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 MFF-207ENST00000409565 1548 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 UCHL1-201ENST00000284440 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 UCHL1-210ENST00000512788 785 ntTSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 NIPSNAP1-201ENST00000216121 2237 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 SPI1-202ENST00000378538 1403 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 ENTPD5-206ENST00000556242 1437 ntTSL 5 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 TMEM235-205ENST00000586400 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 TESC-206ENST00000541210 936 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 AC140479.5-201ENST00000568189 735 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 KRT18P61-201ENST00000585825 1298 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 NEDD4L-225ENST00000589054 1033 ntTSL 3 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 AC092666.2-201ENST00000613287 246 ntBASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 IL17RE-201ENST00000383814 2704 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 MXRA7-201ENST00000355797 5661 ntAPPRIS P4 TSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 FMR1-AS1-202ENST00000596112 1845 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 CIRBP-222ENST00000589235 1073 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 ATP5G2-201ENST00000338662 1792 ntTSL 2 BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 TPRN-202ENST00000409012 2718 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.18■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 AC079328.2-202ENST00000560903 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 KCNK13-201ENST00000282146 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 LMF1-202ENST00000543238 2103 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 IFNGR2-203ENST00000405436 1684 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 C19orf12-205ENST00000392278 895 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 AC093627.4-202ENST00000479592 591 ntTSL 4 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 TRAPPC2L-213ENST00000567895 854 ntTSL 3 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 PLEKHA8-208ENST00000622102 2140 ntTSL 5 BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 BMP6-201ENST00000283147 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 CPE-201ENST00000402744 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.17■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 IL15RA-201ENST00000379971 588 ntTSL 3 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 PYCR3-203ENST00000433751 1000 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 AC011825.4-201ENST00000582233 473 ntTSL 2 BASIC23.16■■□□□ 1.3
RPF1Q9H9Y2 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC23.16■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.4 ms