Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 TRPT1-201ENST00000317459 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 PRSS3-201ENST00000342836 1144 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF436-AS1-202ENST00000437367 606 ntTSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 SPR-201ENST00000234454 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD39-201ENST00000393537 976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 NUDT22-204ENST00000441250 986 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AC008667.2-201ENST00000504413 469 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AC006435.1-201ENST00000571775 1065 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CERS4-205ENST00000558331 1803 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AC010980.2-201ENST00000587099 1412 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.98■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CD99-203ENST00000381184 918 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 ATPIF1-203ENST00000468425 539 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 SPI1-204ENST00000533968 1290 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 SLC25A24P1-201ENST00000411846 1569 ntTSL 5 BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 TXNRD2-201ENST00000334363 1893 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CD58-201ENST00000369487 892 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 CD58-202ENST00000369489 1098 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 FAM210CP-201ENST00000445714 574 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AC105001.1-201ENST00000506149 821 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 TPPP3-204ENST00000562206 1410 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 AC138932.3-201ENST00000567634 1902 ntBASIC22.96■■□□□ 1.27
NKX2-4Q9H2Z4 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 BOLA1-203ENST00000369153 1096 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 KLHL26-205ENST00000599006 989 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 NPDC1-202ENST00000371601 1494 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM35B-201ENST00000373337 922 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 RGCC-201ENST00000379359 960 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 SERPINH1P1-201ENST00000419794 1249 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 NCBP2-207ENST00000452404 1133 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC006252.1-201ENST00000483834 1101 ntTSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 RPS23-206ENST00000510210 1058 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 LINC01962-201ENST00000513771 411 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 CERNA3-201ENST00000521403 557 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC091564.5-201ENST00000526456 820 ntTSL 4 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC092143.2-201ENST00000554623 985 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC007493.2-201ENST00000568427 478 ntTSL 3 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF264-205ENST00000599653 705 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC010331.1-201ENST00000611423 582 ntBASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC093762.2-201ENST00000641700 291 ntAPPRIS P1 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 CBARP-202ENST00000382477 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 RPS14-201ENST00000312037 711 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 NENF-201ENST00000366988 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 MIR718-201ENST00000390190 70 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 SLC47A1P1-201ENST00000420951 500 ntTSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC22.93■■□□□ 1.26
NKX2-4Q9H2Z4 UBALD1-209ENST00000591897 1275 ntTSL 2 BASIC22.93■■□□□ 1.26
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.9 ms