Protein–RNA interactions for Protein: Q9BYB0

SHANK3, SH3 and multiple ankyrin repeat domains protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,731 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHANK3Q9BYB0 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 OR7E47P-201ENST00000546390 1422 ntBASIC28.08■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 SNHG6-203ENST00000520944 638 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.09
SHANK3Q9BYB0 RAD21L1-202ENST00000402452 1707 ntTSL 5 BASIC28.08■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 KCNH6-203ENST00000580652 1703 ntTSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 BEX2-204ENST00000536889 1077 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 FGF8-207ENST00000618991 856 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 TMEM175-212ENST00000508204 1399 ntTSL 3 BASIC28.07■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MED10-201ENST00000255764 1141 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 CBY3-201ENST00000376974 785 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 FRS3-202ENST00000373018 2174 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MIR4758-201ENST00000577688 71 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 SMAGP-205ENST00000603864 1518 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 NAT16-202ENST00000443096 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 CTSF-201ENST00000310325 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC28.04■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 RHEB-204ENST00000472642 900 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 AC034102.6-201ENST00000550947 559 ntTSL 4 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.03■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 RUSC1-AS1-203ENST00000450199 1636 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 HAUS4-205ENST00000541587 1637 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC28.02■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MAP6D1-201ENST00000318631 2111 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.08
SHANK3Q9BYB0 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 RAC1-202ENST00000356142 907 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 DUSP5P2-201ENST00000426873 1033 ntBASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 MMP23B-201ENST00000356026 1326 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 TPD52L1-203ENST00000368402 1308 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 UMAD1-202ENST00000463725 559 ntTSL 4 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC28.01■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC28■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 CALM1-202ENST00000447653 1104 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC28■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC28■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 FAM219B-212ENST00000565772 1249 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
SHANK3Q9BYB0 HSD11B1L-201ENST00000301382 1457 ntTSL 1 (best) BASIC28■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.3 ms