Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 PPP1R14A-205ENST00000591585 949 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ADORA2A-AS1-203ENST00000427813 2027 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 FOXO1-201ENST00000379561 5735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CLPSL2-201ENST00000360454 488 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 POLR2H-204ENST00000438240 994 ntTSL 3 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC16.59■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ADGRB1-202ENST00000517894 6241 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC012414.1-201ENST00000556676 535 ntBASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NARF-202ENST00000345415 1487 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 ASRGL1-201ENST00000301776 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SLC35F5-203ENST00000409342 2284 ntTSL 2 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC16.58■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SH2B1-204ENST00000395532 2529 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 MEIS3-202ENST00000441740 1758 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CADPS-219ENST00000612439 5455 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 FBXW11-203ENST00000393802 2181 ntTSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.57■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 YY1AP1-214ENST00000407221 2705 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 KRT18P55-201ENST00000577198 1950 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PELI3-201ENST00000320740 2740 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SLCO3A1-202ENST00000424469 2705 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 REXO1-201ENST00000170168 4591 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 RNPEP-201ENST00000295640 2427 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.56■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CUEDC1-202ENST00000407144 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 AC003102.1-202ENST00000563394 1796 ntBASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SPAG16-202ENST00000331683 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 PAQR6-202ENST00000335852 2117 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC16.55■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 ELOA-201ENST00000418390 5154 ntTSL 1 (best) BASIC16.54■□□□□ 0.24
CCDC140Q96MF4 EXOSC6-201ENST00000435634 5153 ntAPPRIS P1 BASIC16.54■□□□□ 0.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 31.2 ms