Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEL0

CCDC54, Coiled-coil domain-containing protein 54, humanhuman

Predictions only

Length 328 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC54Q8NEL0 RREB1-203ENST00000379933 5826 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RIMBP3-201ENST00000619918 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 AL512631.2-201ENST00000604634 923 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 FAM228B-208ENST00000613899 1238 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 LY6H-205ENST00000615409 980 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 WNK2-204ENST00000427277 6108 ntTSL 5 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CPEB1-218ENST00000620182 2422 ntTSL 2 BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 NRXN1-202ENST00000342183 3315 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC18.62■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 TRAPPC5-202ENST00000426877 765 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SOX8-201ENST00000293894 3049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 GRK4-201ENST00000345167 2013 ntTSL 1 (best) BASIC18.61■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 MYH14-208ENST00000598205 6137 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 HES6-206ENST00000409574 738 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 AP005435.1-201ENST00000529293 1178 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SF1-220ENST00000626028 704 ntTSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 HAUS7-211ENST00000626181 414 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RASSF1-AS1-201ENST00000629828 790 ntBASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RIMBP3B-201ENST00000620804 6105 ntAPPRIS P1 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 IRX3-201ENST00000329734 2601 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.6■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 FSTL1-201ENST00000295633 5943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SH2B2-202ENST00000536178 2113 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 HOMER3-203ENST00000433218 1418 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ARRB2-201ENST00000269260 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SURF2-201ENST00000371964 842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SSR2-210ENST00000480567 895 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 VAMP2-204ENST00000488857 874 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 RAB6A-204ENST00000536566 1267 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 AC011298.3-201ENST00000615796 283 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 GRAMD1B-217ENST00000640939 1212 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 NAGPA-202ENST00000381955 2100 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ATRN-201ENST00000262919 8633 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 ZIM2-201ENST00000593711 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SYT6-210ENST00000641643 1587 ntBASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 GPR27-201ENST00000304411 2447 ntAPPRIS P1 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 C3orf70-201ENST00000335012 5901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 NFS1-204ENST00000397425 1956 ntTSL 5 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC18.59■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SREBF2-209ENST00000612482 5365 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 SP9-201ENST00000394967 2554 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 IRX2-201ENST00000302057 2456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.57
CCDC54Q8NEL0 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 PTCHD3P2-201ENST00000424937 1205 ntBASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 QDPR-206ENST00000508623 601 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SRR-208ENST00000576848 588 ntTSL 4 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 LINC01881-206ENST00000614114 957 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 UBE2N-201ENST00000318066 5186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 ZNRF3-203ENST00000544604 6851 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RHOBTB2-201ENST00000251822 5451 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SLC18A3-201ENST00000374115 2420 ntAPPRIS P1 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 XBP1-207ENST00000611155 1794 ntTSL 5 BASIC18.58■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 HMGA2-205ENST00000425208 1444 ntTSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 SLC17A7-201ENST00000221485 2973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 AC007375.3-201ENST00000600936 2314 ntBASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 TSKS-202ENST00000358830 1367 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
CCDC54Q8NEL0 C16orf59-201ENST00000361837 1662 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.57■□□□□ 0.56
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.7 ms