Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 EP400NL-214ENST00000641289 2402 ntBASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 PPP2R2D-201ENST00000455566 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 SLAIN1-206ENST00000418532 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 CMTM4-201ENST00000330687 3414 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
USP4Q13107 FNTA-208ENST00000529687 1950 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP4Q13107 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP4Q13107 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP4Q13107 AC004980.1-201ENST00000418663 2667 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP4Q13107 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.18
USP4Q13107 GAS1-201ENST00000298743 2827 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 UTF1-201ENST00000304477 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 YIF1A-205ENST00000471387 854 ntTSL 5 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 IGFALS-203ENST00000568221 730 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 VIM-AS1-202ENST00000605833 918 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 PTPRM-201ENST00000332175 6095 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
USP4Q13107 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 EGR4-202ENST00000545030 2372 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 LIN7B-201ENST00000221459 755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 MLLT10-204ENST00000377091 905 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 RAMP1-203ENST00000404910 857 ntTSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 RORB-AS1-201ENST00000417576 1178 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 AC079089.2-201ENST00000531211 1277 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SAV1-201ENST00000324679 3063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 STK25-234ENST00000535007 2459 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 UBE2Q1-201ENST00000292211 3210 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 TMEM41B-205ENST00000533723 723 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 GNAO1-211ENST00000570235 568 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SEPT4-215ENST00000580809 952 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 HABP4-201ENST00000375249 2615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SNHG7-201ENST00000414282 2357 ntTSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 DPF1-217ENST00000614244 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 TMEFF1-201ENST00000374879 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ZBTB46-202ENST00000302995 2335 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 MSANTD3-207ENST00000622639 1748 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 UHRF2-202ENST00000381373 802 ntTSL 3 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 KRT18P11-201ENST00000435214 1283 ntBASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 TK2-208ENST00000545043 1120 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SLC10A3-201ENST00000263512 2161 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 FAIM-201ENST00000338446 1622 ntTSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
USP4Q13107 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 HLA-L-209ENST00000420110 1011 ntBASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 LTB-211ENST00000446745 853 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 Z97986.1-201ENST00000565879 476 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 TDRKH-206ENST00000440583 2296 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SLC25A27-202ENST00000411689 2526 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 CCNYL1-202ENST00000339882 2619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 AC093323.1-201ENST00000307533 2311 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 DCTN3-202ENST00000341694 899 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 DCTN3-205ENST00000378916 773 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 IL15RA-207ENST00000397250 584 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
USP4Q13107 CDKN3-204ENST00000442975 727 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
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