Protein–RNA interactions for Protein: Q00056

HOXA4, Homeobox protein Hox-A4, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 320 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HOXA4Q00056 CCDC38-201ENST00000344280 2277 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC18.16■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 SP2-202ENST00000613139 908 ntTSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC18.15■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.5
HOXA4Q00056 OBSL1-214ENST00000603926 5520 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 FAM219A-205ENST00000379084 893 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SPTBN4-203ENST00000392023 2419 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.14■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 LINC01140-202ENST00000467438 2375 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 TCF7L1-201ENST00000282111 2968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 CABLES1-201ENST00000256925 5002 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 ZNF707-222ENST00000532158 2218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.13■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SOX17-201ENST00000297316 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 HRK-201ENST00000257572 5789 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 ERMP1-202ENST00000339450 5376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.12■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 AC079834.2-201ENST00000609776 1949 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SYNGR2-201ENST00000225777 2325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 FGF2-201ENST00000264498 6775 ntTSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 PDXK-205ENST00000398081 2251 ntTSL 2 BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 TMEM200B-201ENST00000420504 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 PHF2-201ENST00000359246 5569 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.11■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 RBAK-202ENST00000396912 6551 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 CCDC28B-201ENST00000373602 1089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC18.1■□□□□ 0.49
HOXA4Q00056 AL583722.4-201ENST00000555524 716 ntTSL 3 BASIC18.1■□□□□ 0.49
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms