Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 RPIA-201ENST00000283646 1848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.87■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AL139125.2-201ENST00000623134 1869 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC004812.2-201ENST00000611079 2094 ntBASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 SLC9A3-203ENST00000514375 2504 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.86■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AMZ2P1-201ENST00000397713 2259 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AK2-201ENST00000354858 1021 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 VKORC1-204ENST00000394971 664 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 YKT6-207ENST00000496112 1270 ntTSL 2 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 ST3GAL5-269ENST00000640992 2292 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC23.85■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 FAM167B-201ENST00000373582 936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC007405.3-201ENST00000429172 561 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC026366.1-201ENST00000488803 879 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.84■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 ELF3-AS1-202ENST00000419190 788 ntTSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CDCA4-202ENST00000392590 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.83■■□□□ 1.41
COL6A1P12109 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ADIPOR1-201ENST00000340990 2177 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 KRTAP5-8-201ENST00000398534 1183 ntAPPRIS P1 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 HOTAIRM1-203ENST00000429611 722 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ABHD8-201ENST00000247706 2090 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 KCTD5-201ENST00000301738 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.82■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ACTL10-201ENST00000330271 2028 ntAPPRIS P1 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 TBL2-222ENST00000610724 2165 ntTSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 GRTP1-201ENST00000326039 1294 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 SEC23A-213ENST00000557280 561 ntTSL 4 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC23.81■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 LGALS9B-202ENST00000423676 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 PPP1R26-201ENST00000356818 4932 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.8■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 STAP2-206ENST00000600324 1508 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
COL6A1P12109 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC23.79■■□□□ 1.4
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms