Protein–RNA interactions for Protein: Q9H4Z3

PCIF1, Phosphorylated CTD-interacting factor 1, humanhuman

Predictions only

Length 704 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PCIF1Q9H4Z3 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 NME4-201ENST00000219479 995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 NME4-202ENST00000382940 766 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 RPUSD3-206ENST00000433535 1178 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 LGR4-203ENST00000480977 492 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 GSX2-205ENST00000611459 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 NME4-211ENST00000620944 1193 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
PCIF1Q9H4Z3 SLC35A3-204ENST00000427993 2062 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 POU2F2-215ENST00000560398 1788 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 JTB-203ENST00000368589 1216 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC23.51■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 CCDC160-201ENST00000370809 1299 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 LINC00472-204ENST00000436803 667 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 HADH-209ENST00000603302 2032 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 CCKBR-206ENST00000532715 1734 ntTSL 3 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC23.5■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 PRKACA-201ENST00000308677 2677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 ADARB1-205ENST00000437626 5032 ntTSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 PLK5-202ENST00000454744 1930 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC23.49■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 NRG3-201ENST00000372141 2158 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 P2RX2-202ENST00000348800 1222 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 P2RX2-204ENST00000351222 1140 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 NT5C3AP1-201ENST00000394500 1012 ntBASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 P2RX2-207ENST00000449132 1113 ntTSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 ZGPAT-201ENST00000328969 1945 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 ANKS6-201ENST00000353234 7164 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 HOXA10-201ENST00000283921 2541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 MAF-202ENST00000393350 6384 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 FAM219A-202ENST00000379078 770 ntTSL 3 BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC23.46■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.35
PCIF1Q9H4Z3 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 NMRAL1-202ENST00000404295 1233 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 GRK3-203ENST00000619906 2873 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 PARD3-209ENST00000374790 5825 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 SLC29A1-207ENST00000393841 2485 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
PCIF1Q9H4Z3 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC23.44■■□□□ 1.34
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 20.7 ms