Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 AIPL1-206ENST00000571740 1202 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 AGAP1-205ENST00000409538 6138 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 GADD45GIP1-201ENST00000316939 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 CCDC9-201ENST00000221922 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 CLDND1-202ENST00000394180 2228 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 NDUFB2-201ENST00000247866 504 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 AL138963.3-201ENST00000610057 588 ntTSL 4 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 STX5-201ENST00000294179 1794 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC24.1■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 MFSD7-209ENST00000515118 1556 ntTSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 ASPDH-202ENST00000389208 1040 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 ELANE-202ENST00000590230 1028 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 DISC1-223ENST00000628350 2363 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC24.09■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 GALC-202ENST00000393568 2054 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 MRPL14-201ENST00000372014 959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 TRH-201ENST00000302649 1978 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 ARHGEF9-204ENST00000374878 2217 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 KLF3-203ENST00000514033 1871 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CCDC43Q96MW1 MAPK12-211ENST00000622558 1779 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 KMT5B-201ENST00000304363 5837 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 ITM2C-202ENST00000326427 2078 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AC080112.2-201ENST00000578774 2094 ntTSL 4 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 TOP1MT-201ENST00000329245 1958 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 CNNM4-201ENST00000377075 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 MEF2A-202ENST00000354410 5824 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 MOSPD3-202ENST00000379527 1016 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AC116614.1-201ENST00000456949 539 ntTSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AL117328.2-201ENST00000624617 1940 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 UHRF1BP1L-202ENST00000356828 2023 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 USP36-203ENST00000542802 6063 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 DOK1-203ENST00000409429 1955 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AC139530.1-201ENST00000575312 1977 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AC097381.1-201ENST00000429019 1296 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 NEBL-AS1-202ENST00000439097 661 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 HIST1H2AL-201ENST00000613174 393 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 MIR6821-201ENST00000617625 74 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 GNB2-201ENST00000303210 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 ULK2-202ENST00000395544 6010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AC127496.7-201ENST00000625110 1798 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 NRXN2-201ENST00000265459 6621 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 UBE2H-201ENST00000355621 5151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 ASB6-201ENST00000277458 2330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AC123595.1-201ENST00000440769 1046 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 MIR5787-201ENST00000611784 55 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 PPT2-248ENST00000395523 2111 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 NTNG2-202ENST00000393229 4792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 KCNQ5-213ENST00000629977 2830 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 SMIM10L2A-201ENST00000417443 5230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 C1QL1-201ENST00000253407 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 CRB3-202ENST00000356762 733 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 PLD4-205ENST00000553861 667 ntTSL 2 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 CT47B1-201ENST00000371311 1328 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 LSM14B-201ENST00000279068 2548 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 KMT2B-201ENST00000420124 8469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 PWWP2A-205ENST00000523662 1819 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 MCMBP-202ENST00000369077 2465 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CCDC43Q96MW1 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 22.5 ms