Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ELL3-201ENST00000319359 2352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 MIR572-201ENST00000384983 95 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.65■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ZBTB22-208ENST00000431845 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.26
CCDC140Q96MF4 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 NINJ1-201ENST00000375446 1281 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 HES6-202ENST00000409002 1286 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SIRT3-215ENST00000532956 1235 ntTSL 2 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 AC010203.1-202ENST00000550096 695 ntTSL 3 BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 C19orf68-201ENST00000328759 2277 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 USP12-201ENST00000282344 4511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.64■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MESP1-201ENST00000300057 2369 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MYBL2-201ENST00000217026 2639 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 C16orf86-201ENST00000403458 1267 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ZFAS1-206ENST00000450535 1075 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 STOX2-205ENST00000513034 807 ntTSL 3 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 TRAF4-217ENST00000618771 543 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 DES-201ENST00000373960 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ASL-203ENST00000380839 1765 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PHACTR3-202ENST00000359926 2252 ntTSL 2 BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 NAT8L-202ENST00000423729 5870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.63■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 RIOX1-201ENST00000304061 2429 ntAPPRIS P1 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PRKCZ-AS1-201ENST00000333854 1253 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 STOML2-201ENST00000356493 1278 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 FAIM-203ENST00000393034 927 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PARD6B-202ENST00000396039 522 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 AC105265.2-201ENST00000467189 838 ntBASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PAFAH1B2-205ENST00000529887 1056 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SYNDIG1-201ENST00000376862 2522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 IDI1-201ENST00000381344 2301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.62■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SARDH-203ENST00000371868 2266 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 DTNB-207ENST00000405222 2273 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CBLN3-201ENST00000267406 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 MFF-208ENST00000409616 1247 ntTSL 5 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 AL590128.2-201ENST00000442889 415 ntTSL 3 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ARPC5L-201ENST00000259477 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 CHADL-201ENST00000216241 2533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ZSCAN18-217ENST00000601144 2190 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.61■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 GTPBP6-201ENST00000326153 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 POC1B-209ENST00000549035 2038 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 ORMDL1-202ENST00000392349 1137 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 NGEF-203ENST00000409079 1022 ntTSL 1 (best) BASIC16.6■□□□□ 0.25
CCDC140Q96MF4 RHOF-204ENST00000537265 699 ntTSL 2 BASIC16.6■□□□□ 0.25
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 84.2 ms