Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 SRSF11-203ENST00000370951 2385 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 COL8A2-203ENST00000481785 2036 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CHRNA7-203ENST00000454250 2093 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 FAH-202ENST00000407106 2152 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 LRIG1-202ENST00000383703 5283 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 ALDH16A1-202ENST00000455361 2470 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 TRIR-201ENST00000242784 970 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 YTHDF1-201ENST00000370334 747 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AC009126.1-201ENST00000501338 2245 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 PRICKLE3-206ENST00000599218 2062 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 RANBP10-202ENST00000448631 2232 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AC099791.1-201ENST00000416440 715 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 NALT1-201ENST00000429224 738 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 TMEM268-202ENST00000374049 4578 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 PGF-201ENST00000238607 1693 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CCDC189-206ENST00000543610 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 FBXO27-202ENST00000509137 2130 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 USP48-205ENST00000421625 2818 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 FAM193B-217ENST00000514747 2913 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 LTK-201ENST00000263800 3046 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 ARHGEF25-201ENST00000286494 2552 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 PTPN18-202ENST00000347849 2472 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 TTYH1-201ENST00000301194 2088 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 MRPL41-201ENST00000371443 1262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SRM-201ENST00000376957 1266 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AL161908.1-203ENST00000425370 506 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AC126544.1-201ENST00000580842 1059 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AC244015.2-201ENST00000616358 1861 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 POMZP3-202ENST00000310842 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 FBXO17-201ENST00000292852 2386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CCNL1-203ENST00000461804 1998 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 TRAF4-205ENST00000444415 1456 ntTSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 ZEB1-AS1-201ENST00000423714 456 ntTSL 3 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AC093249.6-202ENST00000568500 1142 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AC018553.2-201ENST00000637770 1064 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CHRAC1-203ENST00000519533 1678 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CPNE2-201ENST00000290776 2645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TERF2-201ENST00000254942 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 FBXL19-205ENST00000562319 2462 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 KRTAP5-7-201ENST00000398536 1408 ntAPPRIS P1 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CTCF-202ENST00000401394 2978 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 GGA2-211ENST00000567468 1713 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 C20orf144-201ENST00000375222 571 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 IGHV3-19-201ENST00000521488 291 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 ZYG11B-202ENST00000545132 2294 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TLE3-216ENST00000559191 1575 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 KIF12-202ENST00000468460 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 GCH1-202ENST00000395514 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 VRK2-201ENST00000340157 1888 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 RNF208-201ENST00000391553 1077 ntAPPRIS P1 BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 DNM2-205ENST00000585892 2774 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 TFG-201ENST00000240851 1978 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 ZNF669-201ENST00000343381 1951 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 PUF60-203ENST00000453551 1842 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
USP49Q70CQ1 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
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