Protein–RNA interactions for Protein: Q53GS9

USP39, U4/U6.U5 tri-snRNP-associated protein 2, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 565 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP39Q53GS9 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 GSTM3-202ENST00000361066 1565 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC21.82■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 DNAAF3-203ENST00000524407 2059 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 KCTD8-201ENST00000360029 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AKT1-201ENST00000349310 2866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 MOB2-201ENST00000329957 1207 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 PARD6A-203ENST00000602551 1171 ntTSL 5 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 RBM4B-203ENST00000525754 2339 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 PACRGL-208ENST00000503585 1582 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.81■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 UCHL5-204ENST00000367451 1346 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 CERKL-203ENST00000374969 1330 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 ANKRD28-201ENST00000399451 6564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 C3orf80-201ENST00000326474 2718 ntAPPRIS P1 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC098864.1-205ENST00000315302 2260 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 ST8SIA6-201ENST00000377602 2276 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 FOSL1-201ENST00000312562 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 CNIH2-201ENST00000311445 1356 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 KHDC3L-201ENST00000370367 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 APTR-205ENST00000447009 902 ntTSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 BX890604.1-207ENST00000486571 904 ntTSL 5 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 HMX1-202ENST00000506970 651 ntTSL 1 (best) BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC083906.2-201ENST00000511578 360 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 MBD3L1-202ENST00000595891 872 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC104187.1-201ENST00000607510 612 ntBASIC21.8■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 MRPL38-201ENST00000309352 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 KRT87P-202ENST00000534226 1464 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 RYK-209ENST00000623711 2934 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC106820.5-201ENST00000566085 789 ntTSL 3 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 DCTPP1-205ENST00000568973 878 ntTSL 2 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC142086.2-201ENST00000569753 217 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 C19orf84-201ENST00000570516 788 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 ZNF561-AS1-205ENST00000588765 579 ntTSL 4 BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 HTATIP2-204ENST00000451739 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC21.79■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 DACT1-201ENST00000335867 2571 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 DPF1-206ENST00000420980 2227 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 SLC2A8-203ENST00000373371 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 TRIM28-202ENST00000341753 2709 ntTSL 1 (best) BASIC21.78■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 ZDHHC7-203ENST00000564466 1488 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 EFNA2-201ENST00000215368 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 GGTLC1-202ENST00000286890 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 BID-202ENST00000342111 854 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 AC007322.1-201ENST00000426983 750 ntBASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 LITAF-205ENST00000570904 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 PSMC3IP-208ENST00000590760 664 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 MAZ-216ENST00000616501 991 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
USP39Q53GS9 SOX10-201ENST00000360880 2861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 SOX10-202ENST00000396884 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ARRDC1-AS1-203ENST00000623970 2210 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ARHGAP27-201ENST00000290470 1376 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 FITM1-201ENST00000267426 1194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 SLC39A4-202ENST00000301305 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 TNFRSF18-201ENST00000328596 851 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 TSPY6P-201ENST00000448518 926 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 CMTM8-202ENST00000458535 996 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 TP53I11-215ENST00000531928 1078 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PTPRM-211ENST00000580170 5941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ASF1B-201ENST00000263382 2059 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 RAB28-203ENST00000338176 1787 ntTSL 3 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 SLC52A2-211ENST00000532887 2147 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.76■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 MAGED2-206ENST00000375068 2189 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 ABHD6-201ENST00000295962 2393 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 FAM107B-211ENST00000468747 2633 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 MRPL37-201ENST00000336230 1179 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PARP1-202ENST00000366792 553 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AL731577.2-201ENST00000508096 555 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 TRAPPC5-203ENST00000595985 411 ntTSL 3 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 AC005181.1-201ENST00000604782 1256 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 GAMT-205ENST00000640762 751 ntTSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
USP39Q53GS9 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.75■■□□□ 1.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 64.1 ms