Protein–RNA interactions for Protein: P43378

PTPN9, Tyrosine-protein phosphatase non-receptor type 9, humanhuman

Predictions only

Length 593 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPN9P43378 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CAMKK2-208ENST00000412367 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 IER5L-201ENST00000372491 2711 ntAPPRIS P1 BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 TDRKH-205ENST00000368827 2318 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.39■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PHF10-202ENST00000366780 1589 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 RAP2A-201ENST00000245304 5487 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PTGER3-204ENST00000356595 1943 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PTGER3-207ENST00000370931 1914 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 IRS3P-201ENST00000223076 1006 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 FDX2-202ENST00000393708 1012 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AL354811.1-201ENST00000610286 706 ntBASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 ANKRD53-204ENST00000457410 1671 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 HAUS4-201ENST00000206474 1642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 SMG7-AS1-201ENST00000421703 2220 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 IRX2-202ENST00000382611 2630 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 EIF2B4-211ENST00000616081 1754 ntTSL 5 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 HLA-C-203ENST00000383329 1554 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 SYNGR2-203ENST00000588282 1553 ntTSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.38■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PPP1R12C-201ENST00000263433 2924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AC010542.4-201ENST00000563151 1910 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AC026471.6-201ENST00000622954 1905 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 MRGPRF-203ENST00000441623 2282 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 FZD8-201ENST00000374694 4030 ntAPPRIS P1 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AL358852.1-201ENST00000623174 1268 ntBASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 LMTK3-201ENST00000270238 4972 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.37■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 GFRA3-201ENST00000274721 2039 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 BID-212ENST00000614949 1988 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PRR7-201ENST00000323249 1480 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 MED14OS-201ENST00000456333 900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CDKN2A-210ENST00000530628 748 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PTGDR-202ENST00000553372 1216 ntTSL 3 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AC005775.1-201ENST00000592413 850 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 ABHD12B-201ENST00000337334 1708 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 VDAC1-203ENST00000395047 1873 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 SOCS7-202ENST00000613678 1827 ntTSL 5 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 ZNF843-201ENST00000315678 2137 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.36■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 NAA35-202ENST00000376040 1797 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PFKFB3-216ENST00000625260 1752 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 KRTAP17-1-201ENST00000334202 779 ntAPPRIS P1 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 PRKCQ-AS1-204ENST00000455810 920 ntTSL 2 BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 MBNL3-202ENST00000370844 1643 ntTSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 SERBP1-202ENST00000370990 1621 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.35■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 ACSL1-205ENST00000504900 1583 ntTSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CCDC106-207ENST00000591578 1592 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 NABP2-202ENST00000341463 1411 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 TMEM9B-201ENST00000309134 1659 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 LAMP5-AS1-201ENST00000443469 1928 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 MEF2A-207ENST00000558812 2186 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 TSPY4-201ENST00000383008 1143 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CROT-202ENST00000412227 1213 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 LINC01167-201ENST00000423232 604 ntTSL 3 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 JARID2-AS1-201ENST00000441978 455 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AC010999.2-201ENST00000621974 596 ntTSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.34■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 CDIPT-210ENST00000570016 1346 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 SLC39A3-203ENST00000545664 1219 ntTSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AL355102.2-201ENST00000553811 600 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 HERC2P4-206ENST00000568097 1062 ntTSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 AES-207ENST00000586839 942 ntTSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.17
PTPN9P43378 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.33■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.33■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 ADD1-202ENST00000355842 4743 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 NFIX-203ENST00000397661 3143 ntTSL 5 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 RFLNA-201ENST00000324038 2148 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 LIMS2-201ENST00000324938 2111 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 PRSS22-203ENST00000571228 1037 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.32■■□□□ 1.16
PTPN9P43378 FBXW4P1-201ENST00000426721 2239 ntBASIC22.32■■□□□ 1.16
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19.9 ms