Protein–RNA interactions for Protein: P39880

CUX1, Homeobox protein cut-like 1, humanhuman

Predictions only

Length 1,505 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CUX1P39880 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 HSD11B2-201ENST00000326152 1900 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ACOT8-201ENST00000217455 1168 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 RAMP1-202ENST00000403885 650 ntTSL 3 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 LINC01191-201ENST00000412690 844 ntTSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 LINC01637-201ENST00000444039 684 ntTSL 2 BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ZNF148-203ENST00000468369 1025 ntTSL 1 (best) BASIC36.49■■■■□ 3.43
CUX1P39880 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC36.48■■■■□ 3.43
CUX1P39880 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC36.48■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ANKRD10-202ENST00000310847 1193 ntTSL 1 (best) BASIC36.48■■■■□ 3.43
CUX1P39880 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CUX1P39880 AC021660.2-201ENST00000502999 388 ntTSL 3 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CUX1P39880 AL160396.2-202ENST00000636692 566 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CUX1P39880 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.48■■■■□ 3.43
CUX1P39880 C17orf107-202ENST00000521575 1275 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CUX1P39880 C19orf25-213ENST00000592872 1287 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ALDH3A2-224ENST00000626500 995 ntTSL 5 BASIC36.47■■■■□ 3.43
CUX1P39880 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC36.47■■■■□ 3.43
CUX1P39880 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CUX1P39880 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CUX1P39880 FGF13-208ENST00000626909 1039 ntTSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CUX1P39880 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.46■■■■□ 3.43
CUX1P39880 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC36.46■■■■□ 3.43
CUX1P39880 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CUX1P39880 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CUX1P39880 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.43
CUX1P39880 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.43
CUX1P39880 ADRM1-204ENST00000491935 1530 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.45■■■■□ 3.42
CUX1P39880 VPS29-206ENST00000549578 1523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.42
CUX1P39880 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.45■■■■□ 3.42
CUX1P39880 TRIM35-203ENST00000521253 1215 ntTSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CUX1P39880 ZNF837-202ENST00000597582 1969 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CUX1P39880 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.44■■■■□ 3.42
CUX1P39880 ELOVL2-AS1-201ENST00000456190 737 ntTSL 3 BASIC36.44■■■■□ 3.42
CUX1P39880 PREB-202ENST00000406567 1910 ntTSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CUX1P39880 CSNK1G3-206ENST00000511130 1356 ntTSL 2 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CUX1P39880 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.43■■■■□ 3.42
CUX1P39880 BMP1-204ENST00000397814 836 ntTSL 4 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CUX1P39880 UNC93B6-201ENST00000525262 1143 ntTSL 5 BASIC36.43■■■■□ 3.42
CUX1P39880 OR10C1-204ENST00000622521 1039 ntBASIC36.43■■■■□ 3.42
CUX1P39880 SRR-201ENST00000344595 2728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 MTAP-204ENST00000460874 1434 ntTSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 SRI-201ENST00000265729 2010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 SDHC-201ENST00000342751 1127 ntTSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 CYB5R4-201ENST00000369679 768 ntTSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 BET1L-204ENST00000410108 637 ntTSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 AC108693.2-201ENST00000492981 303 ntTSL 3 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.42■■■■□ 3.42
CUX1P39880 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 SRXN1-201ENST00000381962 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 MTHFS-201ENST00000258874 907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 MRPL12-201ENST00000333676 1028 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC36.41■■■■□ 3.42
CUX1P39880 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC36.4■■■■□ 3.42
CUX1P39880 ZDHHC1-201ENST00000348579 2047 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
CUX1P39880 ANOS2P-203ENST00000472227 1816 ntBASIC36.4■■■■□ 3.42
CUX1P39880 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
CUX1P39880 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
CUX1P39880 TUSC3-203ENST00000503731 1498 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC36.4■■■■□ 3.42
CUX1P39880 B3GALNT2-202ENST00000366600 2015 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CUX1P39880 NDUFB2-212ENST00000476279 1666 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.39■■■■□ 3.42
CUX1P39880 BCAT2-208ENST00000598162 1329 ntTSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CUX1P39880 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.39■■■■□ 3.42
CUX1P39880 AC053503.5-201ENST00000601508 636 ntBASIC36.39■■■■□ 3.42
CUX1P39880 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 GPR137-201ENST00000313074 1485 ntTSL 5 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 GPR137-203ENST00000411458 1495 ntTSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 GSEC-202ENST00000629441 1572 ntTSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 MAGI2-AS3-211ENST00000451809 707 ntTSL 3 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AP000785.1-201ENST00000527314 613 ntTSL 4 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 ADM-205ENST00000528544 586 ntTSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 C12orf43-208ENST00000539736 1033 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC36.38■■■■□ 3.41
CUX1P39880 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 CASP16P-201ENST00000428155 1433 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 KRT18P29-201ENST00000397031 1267 ntBASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 AL390816.2-201ENST00000554252 737 ntTSL 3 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 FAM32A-205ENST00000589852 1168 ntTSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 PYURF-201ENST00000273968 1361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.37■■■■□ 3.41
CUX1P39880 KCNQ2-201ENST00000344425 1426 ntTSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 SEPT5-210ENST00000455784 2070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 EP300-AS1-201ENST00000420537 457 ntTSL 3 BASIC36.36■■■■□ 3.41
CUX1P39880 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC36.36■■■■□ 3.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 30.4 ms