Protein–RNA interactions for Protein: P34223

SHP1, UBX domain-containing protein 1, yeast

Predictions only

Length 423 aa.

Protein		RNA				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	UniProt Accession	Gene	Ensembl Transcript ID	Length	Transcript Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
SHP1	P34223	RAD55	YDR076W	1221 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YAL066W	YAL066W	309 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	COS1	YNL336W	1146 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	RPS11B	YBR048W	471 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YBR137W	YBR137W	540 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	EXO5	YBR163W	1758 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	VMA1	YDL185W	3216 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	MLH2	YLR035C	2088 nt		3.8	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ALR2	YFL050C	2577 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ECM18	YDR125C	1362 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SUP45	YBR143C	1314 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SPO73	YER046W	432 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	PFS1	YHR185C	714 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YIR023C-A	YIR023C-A	324 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YJL047C-A	YJL047C-A	135 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	REE1	YJL217W	597 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	SUI2	YJR007W	915 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	VPS25	YJR102C	609 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	AUR1	YKL004W	1206 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	MTR2	YKL186C	555 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	FOL3	YMR113W	1284 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YNL035C	YNL035C	1170 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ZDS1	YMR273C	2748 nt		3.79	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	TRM12	YML005W	1389 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	GIP4	YAL031C	2283 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YGL006W-A	YGL006W-A	111 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YSF3	YNL138W-A	258 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YNR071C	YNR071C	1029 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	YOR097C	YOR097C	528 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	THI80	YOR143C	960 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	FAA1	YOR317W	2103 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	ARO4	YBR249C	1113 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	BUD27	YFL023W	2391 nt		3.78	□□□□□ -1.8
SHP1	P34223	CDC14	YFR028C	1656 nt		3.78	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	ECM22	YLR228C	2445 nt		3.78	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	MSN4	YKL062W	1893 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	ART10	YLR392C	1557 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YLR446W	YLR446W	1302 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YGR111W	YGR111W	1203 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RTA1	YGR213C	954 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YIL156W-A	YIL156W-A	402 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SMD3	YLR147C	306 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YLR307C-A	YLR307C-A	264 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	DUG3	YNL191W	1074 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	UTP23	YOR004W	765 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	HPA2	YPR193C	471 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	TIM12	YBR091C	330 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	snR44	snR44	211 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SIP1	YDR422C	2448 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	NAM2	YLR382C	2685 nt		3.77	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	DSS1	YMR287C	2910 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	PPZ1	YML016C	2079 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	HCM1	YCR065W	1695 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	MEI4	YER044C-A	1227 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	PSF2	YJL072C	642 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SDO1	YLR022C	753 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RPA43	YOR340C	981 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	ULS1	YOR191W	4860 nt		3.76	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SAD1	YFR005C	1347 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YHR202W	YHR202W	1809 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YJR061W	YJR061W	2808 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	NHP10	YDL002C	612 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SNU23	YDL098C	585 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	NOP6	YDL213C	678 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	DTD1	YDL219W	453 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RPS13	YDR064W	456 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tF(GAA)D	tF(GAA)D	73 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tF(GAA)N	tF(GAA)N	73 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	IZH1	YDR492W	951 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	HAT2	YEL056W	1206 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	MPS2	YGL075C	1164 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YGR283C	YGR283C	1026 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	GPN3	YLR243W	819 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RIM11	YMR139W	1113 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YOR186W	YOR186W	435 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RSC3	YDR303C	2658 nt		3.75	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	AIR1	YIL079C	1083 nt		3.74	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SPC2	YML055W	537 nt		3.74	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	IST1	YNL265C	897 nt		3.74	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	TIR2	YOR010C	756 nt		3.74	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	IDI1	YPL117C	867 nt		3.74	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	UBP6	YFR010W	1500 nt		3.74	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	VPS27	YNR006W	1869 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	DBP3	YGL078C	1572 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SLI1	YGR212W	1407 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	Q0255	Q0255	1419 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	GRX3	YDR098C	858 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	FCF1	YDR339C	570 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YGL074C	YGL074C	327 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YPT35	YHR105W	645 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tV(CAC)D	tV(CAC)D	73 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	tV(CAC)H	tV(CAC)H	73 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RFA3	YJL173C	369 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YLR156W	YLR156W	345 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YLR159W	YLR159W	345 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	YLR161W	YLR161W	345 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	RUF21	RUF21	707 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	SFG1	YOR315W	1041 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	TYE7	YOR344C	876 nt		3.73	□□□□□ -1.81
SHP1	P34223	FDH2	YPL275W	711 nt		3.73	□□□□□ -1.81

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