Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y6N9

USH1C, Harmonin, humanhuman

Predictions only

Length 552 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USH1CQ9Y6N9 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 INTS11-208ENST00000435064 2148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SLC1A6-203ENST00000544886 2420 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SLC35A3-208ENST00000638336 2438 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 BRSK2-201ENST00000308219 4089 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SPAST-204ENST00000621856 1715 ntTSL 1 (best) BASIC21.38■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 FP325331.1-202ENST00000623531 1380 ntBASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 FUT4-201ENST00000358752 6059 ntAPPRIS P1 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 KCNQ5-201ENST00000342056 6688 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ZNF668-207ENST00000535577 2396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 DLG3-201ENST00000194900 6112 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SPATA5L1-201ENST00000305560 2570 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.37■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 GAS2-202ENST00000454584 2286 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 HDGFL2-208ENST00000616600 2281 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 EYA2-202ENST00000327619 2702 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SLC35C1-202ENST00000442528 1756 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 STARD10-201ENST00000334805 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 PHOSPHO1-202ENST00000413580 2173 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 TMEM147-203ENST00000392205 767 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ARL6IP4-201ENST00000315580 1644 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC21.36■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 TBL1Y-201ENST00000346432 2312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 MARK2-204ENST00000402010 4728 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 COPRS-201ENST00000302362 968 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.35■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 TTC39C-202ENST00000317571 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 TBC1D9-201ENST00000442267 5306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.34■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 FLT1-204ENST00000541932 2969 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 USP21-202ENST00000368001 2095 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 FHL3-201ENST00000373016 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 SRCIN1-213ENST00000617146 7058 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 NEURL3-201ENST00000310865 1710 ntTSL 1 (best) BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 CYP2A7-201ENST00000291764 2128 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 AC009086.3-201ENST00000623486 1008 ntBASIC21.33■■□□□ 1.01
USH1CQ9Y6N9 C19orf35-201ENST00000342063 2574 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.33■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.33■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 RIMBP3C-202ENST00000433039 5784 ntAPPRIS P2 BASIC21.33■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CRB2-202ENST00000373631 5550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 IRS2-201ENST00000375856 8138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 GLIPR2-203ENST00000396613 1917 ntTSL 4 BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CPEB1-AS1-201ENST00000560650 2138 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 TDRP-202ENST00000427263 2465 ntTSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 COMT-206ENST00000407537 1457 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC21.32■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PAQR6-215ENST00000623241 1961 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CACNA1B-204ENST00000371357 9642 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 NSMF-201ENST00000265663 2981 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 NSMF-206ENST00000371475 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 TCF7-201ENST00000342854 3045 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 HFE2-202ENST00000357836 2123 ntTSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 SEPT5-209ENST00000438754 2241 ntTSL 2 BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CAPN12-201ENST00000328867 2762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
USH1CQ9Y6N9 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.31■■□□□ 1
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.6 ms