Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3X0

CCDC9, Coiled-coil domain-containing protein 9, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 531 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC9Q9Y3X0 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 ADPRHL2-201ENST00000373178 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.86■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 MEIS2-204ENST00000397620 2295 ntTSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC089999.2-201ENST00000552525 248 ntTSL 3 BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC28.85■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 KISS1R-201ENST00000234371 1625 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 HHEX-201ENST00000282728 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 FAM207A-201ENST00000291634 927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 MIR1224-201ENST00000408193 85 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 TPT1-AS1-211ENST00000520622 604 ntTSL 4 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC138907.5-202ENST00000569484 235 ntBASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 EZH2-206ENST00000478654 2522 ntTSL 5 BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.84■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 OTUD5-201ENST00000156084 2740 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 CKLF-201ENST00000264001 669 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 BET1L-207ENST00000529614 560 ntTSL 5 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 PITX3-201ENST00000370002 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC28.83■■■□□ 2.21
CCDC9Q9Y3X0 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AC110285.4-201ENST00000572590 424 ntTSL 3 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 CASP9-203ENST00000375890 1351 ntTSL 2 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.82■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 CBFB-203ENST00000561924 584 ntTSL 5 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AP005205.2-201ENST00000577327 491 ntTSL 2 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PRMT1-221ENST00000610806 1192 ntTSL 3 BASIC28.81■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 NAGLU-201ENST00000225927 2544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 MYC-209ENST00000641252 345 ntBASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.8■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AC055733.4-201ENST00000638462 1354 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 DUSP8P5-201ENST00000422884 1815 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 ECEL1P3-201ENST00000427961 737 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 C4orf19-202ENST00000381980 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC28.79■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PDIA6-201ENST00000272227 2338 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 MSRB1-201ENST00000361871 1423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 CXADR-204ENST00000400166 1080 ntTSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 BNIP3L-204ENST00000520409 739 ntTSL 2 BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.78■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 ESR2-202ENST00000341099 2060 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 TNIP2-206ENST00000510267 2006 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC28.77■■■□□ 2.2
CCDC9Q9Y3X0 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
CCDC9Q9Y3X0 RUNDC3A-202ENST00000426726 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.76■■■□□ 2.19
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 58.1 ms