Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULD4

BRPF3, Bromodomain and PHD finger-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 1,205 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
BRPF3Q9ULD4 FMR1-208ENST00000440235 4271 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 LENG1-201ENST00000222224 1542 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 CDKN2B-202ENST00000380142 859 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 IL15RA-209ENST00000397255 759 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 GATA2-AS1-201ENST00000464242 1163 ntTSL 2 BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 IL15RA-216ENST00000530685 660 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 ACHE-201ENST00000241069 2172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 MYBL1-204ENST00000522677 5192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SLC12A2-201ENST00000262461 6885 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 GSPT1-203ENST00000439887 2509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 MAP7-206ENST00000611373 2317 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 AR-209ENST00000613054 3532 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 UTS2R-201ENST00000313135 1357 ntAPPRIS P1 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SYF2-201ENST00000236273 1345 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 AL122058.1-201ENST00000412321 1166 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SERTAD4-AS1-202ENST00000475406 591 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 CCDC7-201ENST00000277657 1899 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC25.99■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SH3YL1-201ENST00000356150 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 Z98883.1-202ENST00000635107 1289 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 AP006623.1-201ENST00000506172 2061 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 P4HTM-201ENST00000343546 2268 ntTSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 NR2F1-AS1-210ENST00000606739 1431 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 AL136116.3-201ENST00000402907 1138 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 PRKG2-207ENST00000628926 2623 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 PIKFYVE-203ENST00000392202 2039 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 PRELID2-201ENST00000334744 2140 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 CNTFR-202ENST00000378980 2052 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 LRRK1-208ENST00000532029 1241 ntTSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 MLF2-206ENST00000539187 1110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 MIR3181-201ENST00000578512 73 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 pRNA.6-201ENST00000610482 90 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 pRNA.5-201ENST00000612139 90 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SCUBE1-208ENST00000615096 1119 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 pRNA.11-201ENST00000618423 90 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 pRNA.13-201ENST00000619112 90 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 CACNB1-203ENST00000394310 1753 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SLC35F4-206ENST00000556826 1908 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 VAV3-202ENST00000370056 4990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC25.96■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 PLEKHH3-204ENST00000591022 2983 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 BOK-201ENST00000318407 2657 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
BRPF3Q9ULD4 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 PKD1P6-201ENST00000343738 4769 ntBASIC25.95■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 ZIM2-208ENST00000629319 2253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 C10orf55-202ENST00000412307 2360 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.95■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 HOXB7-201ENST00000239165 1371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 ZNF398-202ENST00000475153 2860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 COG8-201ENST00000562081 1731 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 TBX1-203ENST00000359500 1538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 DLL3-202ENST00000356433 2055 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 ARFIP2-205ENST00000525235 852 ntTSL 2 BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 SENCR-201ENST00000526269 1298 ntTSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 SUMF1-201ENST00000272902 2159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 SOX3-201ENST00000370536 2132 ntAPPRIS P1 BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 AL157384.1-201ENST00000445995 2473 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 KANK3-203ENST00000593649 2672 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 SCARF2-202ENST00000622235 3232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 C14orf80-201ENST00000329886 1947 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 PRICKLE4-201ENST00000394259 939 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 WDR86-AS1-204ENST00000489632 751 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 LINC01632-201ENST00000615763 496 ntTSL 3 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 MARCH9-201ENST00000266643 2982 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 GABBR2-201ENST00000259455 5788 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 PABPC1L2B-201ENST00000373521 2197 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
BRPF3Q9ULD4 FGF2-202ENST00000608478 3880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 18.8 ms