Protein–RNA interactions for Protein: Q9UKF6

CPSF3, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 684 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF3Q9UKF6 AC009237.3-201ENST00000393279 1427 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 SNX21-212ENST00000491381 1607 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 GPRC5B-210ENST00000569847 1830 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TMEM259-201ENST00000333175 2581 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 ADAM22-209ENST00000439864 2576 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RASL12-202ENST00000421977 1523 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 AC005224.4-201ENST00000583262 1652 ntBASIC23.39■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.34
CPSF3Q9UKF6 TRADD-202ENST00000486556 1833 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 KLRG2-202ENST00000393039 1148 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 PYCARD-AS1-201ENST00000561916 1095 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 HAS1-202ENST00000540069 2110 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 PRKAA1-202ENST00000354209 1918 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 GAS2L1-206ENST00000610653 2238 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 HNRNPM-202ENST00000348943 2568 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 IER2-201ENST00000292433 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ANKHD1-221ENST00000616482 2064 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC034268.1-201ENST00000441047 882 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 KRT18P14-201ENST00000534205 1250 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC127029.2-201ENST00000577329 502 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CCDC154-201ENST00000389176 2212 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 GAL3ST1-202ENST00000401975 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 NOX4-209ENST00000527626 1774 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 NOXA1-202ENST00000392815 1464 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CNN3-201ENST00000370206 2165 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 DPH1-203ENST00000570477 1747 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC133561.1-201ENST00000568600 2415 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CNEP1R1-202ENST00000427478 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 LINC01942-201ENST00000521373 513 ntTSL 4 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AL034346.1-201ENST00000568244 1277 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC011511.3-201ENST00000587088 355 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ANKRD20A6P-201ENST00000618763 204 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CXCL14-201ENST00000337225 1971 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 OXCT2-201ENST00000327582 1826 ntAPPRIS P1 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 UCHL5-205ENST00000367454 1815 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ZFAND6-224ENST00000618205 1659 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SYT7-203ENST00000539008 2061 ntTSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SH2D5-202ENST00000444387 1934 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CMPK2-202ENST00000404168 2042 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 GUSBP5-202ENST00000510805 1989 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 MYH7B-209ENST00000618182 6197 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC073343.2-201ENST00000413182 548 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SLC12A5-217ENST00000626937 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CCM2-206ENST00000474617 1532 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ADAD2-201ENST00000268624 2283 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 PDK3-201ENST00000379162 1809 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 PPP2R3B-202ENST00000390665 2151 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 GLI4-201ENST00000340042 1341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 DCAF8-211ENST00000475733 1426 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SLC35A2-205ENST00000376529 865 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ASMT-202ENST00000381233 989 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ANKRD63-201ENST00000434396 1143 ntAPPRIS P1 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 TMEM70-203ENST00000517439 617 ntTSL 2 BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 AC242852.2-201ENST00000615738 1807 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 C1QL3-201ENST00000298943 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 NEK6-214ENST00000545174 2573 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 ACSF2-207ENST00000504392 1881 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 QPCT-201ENST00000338415 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 TRAPPC6A-205ENST00000592647 514 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 SLC35A3-213ENST00000638988 1286 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
CPSF3Q9UKF6 RPS6-203ENST00000380384 1355 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 12.7 ms