Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC23.15■■□□□ 1.3
NKX2-4Q9H2Z4 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC23.15■■□□□ 1.3
NKX2-4Q9H2Z4 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.3
NKX2-4Q9H2Z4 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 PEX26-203ENST00000428061 815 ntTSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC009086.2-201ENST00000449759 610 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 FAM213B-215ENST00000537325 1096 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 KREMEN2-205ENST00000575769 1922 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.14■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 GOLGA7-201ENST00000357743 2027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 NAA20-202ENST00000334982 1260 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 DUSP23-201ENST00000368107 756 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 HSF1-201ENST00000400780 2105 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 IGFBP6-203ENST00000548547 1177 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ECEL1-202ENST00000409941 2322 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC23.13■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 PICALM-224ENST00000630913 2261 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF444-211ENST00000592949 1906 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 PSPN-201ENST00000245810 471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 DGCR6L-202ENST00000405465 962 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 SGO1-AS1-202ENST00000448208 819 ntTSL 3 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 CTBP2-211ENST00000494626 2014 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 USP36-216ENST00000589424 970 ntTSL 5 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 CD24-208ENST00000622315 825 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.12■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 RHBDL1-202ENST00000352681 1463 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 RENBP-201ENST00000369997 1322 ntTSL 5 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 SYNGR1-201ENST00000216155 497 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 PMAIP1-201ENST00000269518 1262 ntTSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 PEX7-202ENST00000367756 680 ntTSL 3 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 FAM131A-208ENST00000453072 1038 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 RTBDN-203ENST00000458671 1066 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 TIMM50-213ENST00000599794 786 ntTSL 2 BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.11■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM176B-203ENST00000434545 1303 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC008550.1-201ENST00000511500 884 ntBASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 GNPTG-201ENST00000204679 1983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ACADS-202ENST00000411593 1398 ntTSL 2 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AZIN2-201ENST00000294517 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.1■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 MYPOP-201ENST00000322217 1890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 BIN1-201ENST00000259238 2338 ntTSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC114730.1-201ENST00000400768 472 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC091874.3-201ENST00000512672 1195 ntBASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 DEDD2-205ENST00000596251 1183 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 IQCJ-SCHIP1-202ENST00000460298 1884 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ADAD2-202ENST00000315906 1995 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.09■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 THAP7-201ENST00000215742 1213 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AL049874.3-201ENST00000557618 868 ntTSL 3 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 SMIM1-203ENST00000561886 491 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 INO80E-214ENST00000620599 515 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 AC073648.6-201ENST00000641589 218 ntBASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 HSDL1-202ENST00000434463 1493 ntTSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 SLBP-206ENST00000489418 1977 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.29
NKX2-4Q9H2Z4 ZNF598-202ENST00000562103 2717 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 PRDM13-202ENST00000369215 2429 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.08■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 SIX2-201ENST00000303077 2205 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 LCN6-203ENST00000476567 1015 ntTSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 LINC00543-201ENST00000567234 1845 ntBASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 PRAF2-202ENST00000553851 1334 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.07■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 NKX6-3-202ENST00000524115 1683 ntTSL 2 BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
NKX2-4Q9H2Z4 SYNE2-201ENST00000341472 1132 ntTSL 1 (best) BASIC23.06■■□□□ 1.28
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 15.4 ms