Protein–RNA interactions for Protein: Q8NEF3

CCDC112, Coiled-coil domain-containing protein 112, humanhuman

Predictions only

Length 446 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC112Q8NEF3 FNDC10-201ENST00000422725 2085 ntAPPRIS P1 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 DOC2A-218ENST00000616445 2065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 C7orf43-201ENST00000316937 2520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 KCNQ1-202ENST00000335475 2159 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 UNKL-205ENST00000397464 2180 ntTSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 FEM1AP4-201ENST00000443167 1987 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 EGFL8-220ENST00000395512 1312 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 TSPAN3-202ENST00000346495 1647 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 CHRNB2-205ENST00000637900 2390 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ARMC9-201ENST00000349938 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 DUX4L4-201ENST00000566884 1269 ntBASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SMIM11B-205ENST00000624304 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 CFAP99-206ENST00000616117 1941 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.63■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ACADVL-202ENST00000350303 2191 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 TMEM129-206ENST00000536901 2172 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 MYL5-206ENST00000506838 2956 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PATZ1-201ENST00000215919 2516 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ZNF503-AS2-202ENST00000466942 1430 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 DNAJC7-203ENST00000457167 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 T-202ENST00000366871 2250 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 AC148477.1-201ENST00000537720 476 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ST3GAL3-207ENST00000353126 1969 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 KRT3-201ENST00000417996 2319 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ATOH8-201ENST00000306279 2438 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PLEKHH3-201ENST00000293349 2987 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 DGKZ-214ENST00000527911 3337 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 C6orf89-201ENST00000355190 1309 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ARSA-202ENST00000356098 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SOX4-201ENST00000244745 5852 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 C1QTNF4-201ENST00000302514 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SNX18-203ENST00000381410 5218 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 LARGE2-208ENST00000531526 2528 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 RPP38-207ENST00000616640 1537 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 MPZL1-201ENST00000359523 5010 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 KLC2-207ENST00000421552 2721 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ASB1-202ENST00000409297 878 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 TTYH1-203ENST00000376531 1763 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ME2-206ENST00000638410 2289 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ME2-210ENST00000639255 2262 ntTSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ATP11C-203ENST00000370557 6924 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 RBBP7-202ENST00000380084 2036 ntTSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ASCL5-201ENST00000449188 2026 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.59■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 LAMC3-202ENST00000361069 6133 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 AC007952.6-201ENST00000573168 2673 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 AC003957.1-201ENST00000625108 2673 ntBASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 FGFR1-241ENST00000619564 5482 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SMIM10L2B-201ENST00000433425 2737 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 MFSD7-202ENST00000347950 1599 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 ALG1-201ENST00000262374 2132 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 MCRIP1-202ENST00000457257 942 ntTSL 3 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 MSANTD1-204ENST00000510580 2039 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PAQR6-213ENST00000612424 2037 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 SNX7-201ENST00000306121 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
CCDC112Q8NEF3 PNMA2-204ENST00000522362 4965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 FGFR2-224ENST00000613048 4369 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PKIB-204ENST00000368448 1561 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SPPL2B-212ENST00000618220 2459 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PKIB-205ENST00000368452 1398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AC078883.1-201ENST00000442417 950 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 ZIM2-206ENST00000599935 2226 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SOCS2-206ENST00000549122 2391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 PRSS33-202ENST00000570702 1676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 UBTD2-201ENST00000393792 3301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 AC090360.1-201ENST00000569722 2218 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
CCDC112Q8NEF3 SOX18-201ENST00000340356 1864 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 87 ms