Protein–RNA interactions for Protein: Q7Z494

NPHP3, Nephrocystin-3, humanhuman

Predictions only

Length 1,330 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NPHP3Q7Z494 MMP23B-202ENST00000378675 1309 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 LIPT2-201ENST00000310109 1018 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 DLEU2-203ENST00000425586 1267 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 CLN6-207ENST00000566347 981 ntTSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 Z92544.1-201ENST00000567091 730 ntTSL 3 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 CIRBP-211ENST00000586773 942 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 OGFR-204ENST00000621591 1194 ntTSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 DAZAP1-205ENST00000587079 2086 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 SAXO1-201ENST00000380530 1727 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 PRR7-202ENST00000502922 1345 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 AL596275.1-201ENST00000423464 877 ntBASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 CIRBP-246ENST00000628979 1043 ntTSL 2 BASIC29.59■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 MREG-201ENST00000263268 1314 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 STEAP1-201ENST00000297205 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 PLPP7-201ENST00000372261 972 ntTSL 2 BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 TPT1-AS1-210ENST00000520590 873 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 DEUP1-206ENST00000530273 410 ntTSL 3 BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 AC100835.1-201ENST00000565737 498 ntTSL 5 BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 TXNL4A-203ENST00000585474 1185 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 AC016405.3-201ENST00000607710 860 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
NPHP3Q7Z494 TSEN34-201ENST00000302937 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 GCC2-AS1-201ENST00000322353 558 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 C17orf97-203ENST00000571106 736 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 UBXN2B-206ENST00000638450 591 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC007285.1-201ENST00000422239 893 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 NDUFB2-203ENST00000461457 559 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 ZNF324-202ENST00000535298 1006 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 C14orf28-204ENST00000557112 1097 ntTSL 5 BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC069236.1-201ENST00000604339 616 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC008694.1-202ENST00000636953 945 ntBASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC29.56■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 SPINT2-202ENST00000454580 1367 ntTSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 BAALC-201ENST00000297574 801 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 SLC35A2-202ENST00000376512 903 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 GDF6-203ENST00000621429 1179 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 FAM86JP-203ENST00000485843 2012 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 HACD3-205ENST00000562901 1797 ntTSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 BX276092.2-201ENST00000417668 665 ntBASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 NREP-209ENST00000455559 698 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 CASP6-205ENST00000505486 538 ntTSL 4 BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 CTBP1-AS2-203ENST00000507044 739 ntTSL 3 BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 FAM47E-204ENST00000510328 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 SMOX-201ENST00000278795 2164 ntTSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 CYP2A13-201ENST00000330436 1739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 RARRES2-201ENST00000223271 740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 SEC61A2-206ENST00000379051 707 ntTSL 3 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 RPS2P4-201ENST00000476944 856 ntBASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 GOLGA6L9-202ENST00000618348 1710 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AL357033.1-201ENST00000370520 1933 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC29.53■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 TRIM54-201ENST00000296098 2027 ntTSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 CFC1-201ENST00000259216 1046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 CFC1B-201ENST00000281882 1071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 GAS7-202ENST00000396115 929 ntTSL 5 BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AL158047.1-201ENST00000445918 881 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC097658.1-201ENST00000475555 843 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 DNAJA4-210ENST00000489435 947 ntTSL 3 BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC006058.3-201ENST00000606217 1069 ntBASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 HOXA4-201ENST00000360046 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.52■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC044860.1-201ENST00000560756 1160 ntTSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 AC142381.4-202ENST00000563973 229 ntBASIC29.51■■■□□ 2.32
NPHP3Q7Z494 ATG16L2-201ENST00000321297 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 CASTOR1-201ENST00000404953 1460 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 GTF2A2-203ENST00000396061 758 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AC128676.1-201ENST00000454392 318 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 TSPAN11-202ENST00000535215 988 ntTSL 2 BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 AC138028.5-201ENST00000566114 558 ntTSL 5 BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 BX649632.1-201ENST00000610187 819 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
NPHP3Q7Z494 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.5■■■□□ 2.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.6 ms