Protein–RNA interactions for Protein: Q70EK8

USP53, Inactive ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 53, humanhuman

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Length 1,073 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP53Q70EK8 CCNE1-201ENST00000262643 2043 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 HMCES-203ENST00000417226 1490 ntTSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 C9orf163-202ENST00000624034 2573 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 TMEM54-202ENST00000373463 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 MT1M-201ENST00000379818 829 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 AP006621.1-202ENST00000528982 464 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 IRX4-202ENST00000505790 2538 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 AC068473.5-201ENST00000616428 2072 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 HMGA2-203ENST00000393578 1993 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 PKM-201ENST00000319622 2717 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 ESRRAP2-201ENST00000418437 1549 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 LINC01960-201ENST00000563759 1884 ntBASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 FPGS-204ENST00000393706 2230 ntTSL 2 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 KLC1-227ENST00000634686 2229 ntTSL 5 BASIC20.88■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 PXK-203ENST00000383715 1756 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 ATP5G2-208ENST00000552242 1950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 EMC7-201ENST00000256545 1155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 NRL-201ENST00000396995 810 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 CDCA4P2-201ENST00000441182 718 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 LINC02091-201ENST00000576171 1185 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 AL512625.3-202ENST00000591993 1091 ntTSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 BID-214ENST00000617586 542 ntTSL 5 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 AC073111.5-205ENST00000641717 521 ntBASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 STOML1-201ENST00000316900 2169 ntTSL 2 BASIC20.87■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 STK32C-201ENST00000298630 2086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
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USP53Q70EK8 PHC2-202ENST00000373418 2550 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.87■□□□□ 0.93
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USP53Q70EK8 GRK4-204ENST00000503518 2136 ntTSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 RNF4-207ENST00000506706 2098 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 IRF2BP1-201ENST00000302165 2564 ntAPPRIS P1 BASIC20.86■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 CCDC74B-205ENST00000409943 1296 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.86■□□□□ 0.93
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USP53Q70EK8 GRK4-206ENST00000504933 1971 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 KCNQ4-204ENST00000509682 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 LTK-203ENST00000453182 2412 ntTSL 2 BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 GAS2L1P2-201ENST00000436355 1356 ntBASIC20.85■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 SDR39U1-208ENST00000554698 1364 ntTSL 1 (best) BASIC20.85■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 GMPPA-201ENST00000313597 1544 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 CBR1-201ENST00000290349 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 RAP1B-202ENST00000341355 714 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 HBM-201ENST00000356815 506 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
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USP53Q70EK8 ZNF292-204ENST00000392985 1096 ntTSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
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USP53Q70EK8 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 DMRT2-209ENST00000635183 2190 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 HAS1-201ENST00000222115 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC20.84■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 NKX2-1-201ENST00000354822 2191 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
USP53Q70EK8 KAT2B-201ENST00000263754 4833 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.93
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USP53Q70EK8 C19orf24-201ENST00000409293 983 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.83■□□□□ 0.93
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USP53Q70EK8 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AC006455.5-202ENST00000615248 2284 ntTSL 1 (best) BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 KCNC3-201ENST00000376959 5447 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.83■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 LINGO3-201ENST00000585527 2241 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ANTXR2-202ENST00000346652 1343 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 HSD11B1L-217ENST00000581521 1884 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 ASPSCR1-201ENST00000306729 2123 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 LARP6-202ENST00000344870 527 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 POLE4-205ENST00000483063 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RAP2CP1-201ENST00000605103 478 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AC093762.3-201ENST00000641918 318 ntAPPRIS P1 BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 CCSER2-202ENST00000359979 2066 ntTSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 AC012676.1-201ENST00000574705 1949 ntBASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 LHX2-201ENST00000373615 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.82■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SLC39A14-202ENST00000289952 2137 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 SYT6-209ENST00000610222 1707 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 RAB1A-202ENST00000409751 1333 ntTSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 C19orf67-203ENST00000548523 1427 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 TGIF1-206ENST00000405385 1689 ntTSL 2 BASIC20.81■□□□□ 0.92
USP53Q70EK8 DONSON-201ENST00000303071 2170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.81■□□□□ 0.92
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