Protein–RNA interactions for Protein: Q70CQ1

USP49, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 49, humanhuman

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Length 688 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP49Q70CQ1 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 BX842568.3-201ENST00000418104 571 ntBASIC24.33■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AL355987.3-201ENST00000456614 735 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 AC092902.2-206ENST00000625484 846 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 ACP1-201ENST00000272065 1549 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 FADS6-204ENST00000614223 2044 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
USP49Q70CQ1 ZNHIT2-201ENST00000310597 1306 ntAPPRIS P1 BASIC24.33■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 TMEM8B-203ENST00000377996 2473 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 C16orf95-201ENST00000253461 953 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 POLR2F-211ENST00000488684 564 ntTSL 2 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PBX2P1-201ENST00000493219 1291 ntBASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 ILDR2-204ENST00000525740 2242 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 GPSM1-201ENST00000291775 2114 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 VPS9D1-AS1-202ENST00000562866 1753 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PGRMC2-201ENST00000296425 2767 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 HIRA-201ENST00000263208 4053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC026310.3-201ENST00000625186 2373 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC068580.1-201ENST00000446489 252 ntTSL 3 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PTP4A3-203ENST00000520105 1866 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AL359317.1-201ENST00000556316 578 ntTSL 4 BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC133561.4-201ENST00000566112 224 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC087239.1-201ENST00000622671 572 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 FBXO25-202ENST00000350302 2229 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 TANGO2-202ENST00000398042 2011 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 KDELR1-203ENST00000597017 1594 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC084757.3-201ENST00000558061 1943 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 NABP2-203ENST00000380198 1775 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 FBXL14-201ENST00000339235 2111 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 HOMER3-206ENST00000594439 982 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC233992.3-201ENST00000607491 485 ntBASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 MRPL37-202ENST00000360840 1483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 KCNMA1-283ENST00000640523 5425 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 DACT1-204ENST00000541264 2610 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 ST3GAL4-201ENST00000227495 1790 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 SPHK1-202ENST00000392496 1779 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 XPA-201ENST00000375128 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 MFSD14C-208ENST00000637864 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 CREB3L2-203ENST00000452463 1105 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 NDUFS3-206ENST00000528192 561 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 ACAP1-206ENST00000571471 320 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 HRH3-203ENST00000611492 900 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 LCK-214ENST00000619559 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 STK11-205ENST00000586243 2777 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 CBR3-201ENST00000290354 1169 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 CKLF-205ENST00000417030 628 ntAPPRIS ALT2 TSL 4 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC008764.7-201ENST00000593779 1081 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AC106739.1-201ENST00000617035 715 ntBASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 NEDD4L-237ENST00000617539 728 ntTSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 KCTD13-202ENST00000561540 1773 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 DAPK3-202ENST00000545797 2257 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 GJB6-203ENST00000400065 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PSIP1-201ENST00000380715 1966 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 GOLGA2P6-201ENST00000340929 2049 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 RUNDC3B-207ENST00000493037 2020 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 TBL1Y-202ENST00000355162 2376 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 TPST1-201ENST00000304842 2116 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 CCDC107-203ENST00000378407 899 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 ZNF846-212ENST00000592859 1206 ntTSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 RBPJL-202ENST00000372741 1636 ntTSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 ATG4D-201ENST00000309469 1949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
USP49Q70CQ1 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CITED2-202ENST00000536159 1797 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CITED2-203ENST00000537332 1780 ntTSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CRHR1-201ENST00000293493 2621 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 LPCAT4-201ENST00000314891 2262 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 MSL1-204ENST00000578648 2267 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 MAG-206ENST00000597035 542 ntTSL 4 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 AL031432.3-201ENST00000607698 485 ntBASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SEC61A2-205ENST00000379033 2462 ntTSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 SLC22A31-201ENST00000562855 1909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 C7orf25-201ENST00000350427 2451 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 MGAT5B-207ENST00000565675 872 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 CTGF-201ENST00000367976 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
USP49Q70CQ1 JUNB-201ENST00000302754 1820 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
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