Protein–RNA interactions for Protein: Q15465

SHH, Sonic hedgehog protein, humanhuman

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Length 462 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHHQ15465 ANKRD65-202ENST00000442470 876 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 UBE2SP1-201ENST00000450587 669 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 CFL1-211ENST00000531407 1062 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 TGIF1-219ENST00000551541 990 ntTSL 2 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 AF274858.3-202ENST00000569906 755 ntTSL 3 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 GNB2-209ENST00000436220 1479 ntTSL 5 BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 GNAS-201ENST00000265620 1866 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
SHHQ15465 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 NT5C3B-203ENST00000435506 975 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 TMUB1-205ENST00000482202 899 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 UBE2K-204ENST00000503368 891 ntTSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 DHRS4L2-204ENST00000537912 918 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 MAX-217ENST00000557277 728 ntTSL 3 BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 AC073912.3-201ENST00000624414 853 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 IRF3-201ENST00000309877 1691 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
SHHQ15465 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHHQ15465 C4orf48-201ENST00000409248 433 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHHQ15465 SMIM1-201ENST00000444870 546 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHHQ15465 STPG4-207ENST00000445927 891 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHHQ15465 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHHQ15465 MAGIX-206ENST00000615626 1057 ntTSL 1 (best) BASIC23.39■■□□□ 1.33
SHHQ15465 RAB3A-201ENST00000222256 1528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CCDC74A-201ENST00000295171 1543 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CCDC74B-201ENST00000310463 1549 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 KCNA2-206ENST00000638477 1524 ntTSL 5 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PDIA2-201ENST00000219406 1698 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 B3GNT4-201ENST00000324189 1642 ntTSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 TM4SF5-201ENST00000270560 708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AL360181.5-201ENST00000368554 1044 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 F8A2-201ENST00000369505 1116 ntAPPRIS P1 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PUSL1-201ENST00000379031 1287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 METTL5-206ENST00000409965 880 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 GXYLT1P3-201ENST00000453058 1193 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 UNC93B5-201ENST00000530315 699 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 C17orf50-201ENST00000603305 569 ntTSL 3 BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 C17orf50-203ENST00000605587 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AP003733.4-201ENST00000623785 1697 ntBASIC23.38■■□□□ 1.33
SHHQ15465 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 RNPS1-201ENST00000301730 1276 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 GPR35-203ENST00000407714 1258 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AC211429.1-201ENST00000415277 523 ntBASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AC022167.3-201ENST00000564485 427 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PLEKHJ1-205ENST00000587394 937 ntTSL 2 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 REST-211ENST00000640168 1268 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CLPTM1L-201ENST00000320895 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 FKBP8-209ENST00000597960 1781 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
SHHQ15465 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 TCP1-202ENST00000392168 1878 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 MRPL15-201ENST00000260102 1147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DUSP15-205ENST00000398084 1256 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 MNX1-AS1-201ENST00000480284 1041 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AC021087.1-201ENST00000512642 522 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AP003097.1-201ENST00000530657 1135 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AC106738.2-202ENST00000558156 533 ntTSL 4 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 JOSD2-205ENST00000601423 802 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AL359736.2-201ENST00000621992 437 ntBASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PON2-202ENST00000433091 1726 ntTSL 1 (best) BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 FUZ-212ENST00000528094 1479 ntTSL 2 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DNAH17-AS1-202ENST00000591373 1453 ntTSL 5 BASIC23.36■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DPP7-201ENST00000371579 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 MYCL-201ENST00000372815 1944 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CACNA2D1-203ENST00000423588 1429 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AC025164.2-201ENST00000501008 1898 ntTSL 5 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 C10orf91-201ENST00000321248 1257 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AL359182.2-201ENST00000457720 606 ntTSL 3 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DLEU7-203ENST00000504404 1122 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 LINC01301-204ENST00000530725 577 ntTSL 4 BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 LYRM1-205ENST00000562740 931 ntTSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 MIR4497-201ENST00000583208 89 ntBASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.35■■□□□ 1.33
SHHQ15465 QTRT1-201ENST00000250237 1317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DHRS4-204ENST00000543741 1340 ntTSL 2 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 KATNAL2-208ENST00000592005 1348 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DOK3-205ENST00000501403 1872 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DECR2-201ENST00000219481 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 FASTK-217ENST00000540185 1609 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 SERTAD3-201ENST00000322354 1734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PCOLCE2-201ENST00000295992 2021 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 ASIP-201ENST00000374954 586 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 AC025754.1-201ENST00000507566 407 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 TNFRSF1B-204ENST00000536782 557 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PLEKHB1-216ENST00000543085 632 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 PTGIR-205ENST00000597185 775 ntTSL 3 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 CLN3-240ENST00000631023 1586 ntTSL 5 BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 KCNK4-201ENST00000394525 1673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC23.34■■□□□ 1.33
SHHQ15465 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC23.34■■□□□ 1.33
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