Protein–RNA interactions for Protein: Q13099

IFT88, Intraflagellar transport protein 88 homolog, humanhuman

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Length 833 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
IFT88Q13099 NEU4-203ENST00000404257 2352 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SPTBN4-201ENST00000338932 8686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SLC22A23-205ENST00000436008 6641 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 TMEM206-205ENST00000535273 2119 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SLC13A3-204ENST00000413164 2008 ntTSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 NKX6-3-201ENST00000518699 1352 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 HSF4-225ENST00000584272 1549 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 OSR1-201ENST00000272223 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 SMIM3-201ENST00000526627 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 DUSP22-214ENST00000605315 867 ntTSL 5 BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 RGS20-202ENST00000297313 2104 ntTSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.08
IFT88Q13099 TTYH3-201ENST00000258796 4840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.77■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SPATS2L-204ENST00000409140 2463 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.77■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 C1QTNF1-201ENST00000311661 2624 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 P2RY2-203ENST00000393597 2107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 FAM118B-209ENST00000533050 2402 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 ALDOA-221ENST00000566897 2448 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TXNRD2-203ENST00000400519 3155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SETD6-202ENST00000310682 2042 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 AC092849.1-201ENST00000475250 303 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TMEM198B-205ENST00000487582 1581 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 KLHL26-202ENST00000595182 522 ntTSL 4 BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SHANK1-203ENST00000391813 4785 ntTSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SPNS2-201ENST00000329078 3447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 ZNF467-201ENST00000302017 2553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 MAST2-201ENST00000361297 5738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 LINC01006-201ENST00000333319 2292 ntBASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 HOXA11-201ENST00000006015 2295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 DYRK2-202ENST00000344096 8912 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 PMPCA-203ENST00000399219 1987 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 BID-215ENST00000622694 2199 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SOX12-201ENST00000342665 4630 ntAPPRIS P1 BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 ILF3-217ENST00000589998 2622 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 BX664725.1-201ENST00000438252 379 ntBASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SLC25A1-201ENST00000215882 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 NMI-201ENST00000243346 1623 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 HS3ST3A1-201ENST00000284110 2527 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 CACNB1-201ENST00000344140 1889 ntTSL 1 (best) BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC21.75■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 AL353803.4-201ENST00000565882 1934 ntBASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 REST-206ENST00000612429 1376 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 REST-207ENST00000616975 1370 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 REST-212ENST00000640343 1352 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 ITGB1BP1-202ENST00000355346 1963 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 DMRT2-203ENST00000358146 1965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TSNARE1-208ENST00000524325 1963 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 PKMYT1-201ENST00000262300 2171 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 PPP2R5E-204ENST00000555899 2164 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 CACNG6-203ENST00000352529 1635 ntTSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 APOE-201ENST00000252486 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 AC092835.1-201ENST00000425953 1850 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SHISA7-201ENST00000376325 6033 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 HDAC2-201ENST00000368632 2084 ntTSL 2 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 MATN4-204ENST00000372756 2077 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 LHX6-201ENST00000340587 3457 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 BX088645.1-201ENST00000636699 1728 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 RDX-202ENST00000405097 2761 ntTSL 1 (best) BASIC21.74■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TOR1B-201ENST00000259339 2769 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 CNNM1-201ENST00000356713 5959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 C1QTNF12-201ENST00000330388 1036 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 ZNF180-205ENST00000587047 525 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 AC119427.1-201ENST00000633182 556 ntTSL 4 BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 VEGFA-204ENST00000372064 2909 ntTSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SPRED3-204ENST00000587013 1539 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TERF2IP-201ENST00000300086 2118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.73■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SAMD8-202ENST00000372690 1654 ntTSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 FBXL19-207ENST00000565690 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TRMT2A-204ENST00000439169 2473 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 USF2-207ENST00000595068 1612 ntTSL 5 BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SMURF1-202ENST00000361368 5581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 TMEM179-204ENST00000556573 1430 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.72■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 GGTA1P-203ENST00000481799 1487 ntTSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 CDC14B-203ENST00000375242 2965 ntTSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 ANKLE1-204ENST00000594072 2294 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 SHCBP1L-201ENST00000367547 2317 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 METTL1-202ENST00000324871 2066 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 LRR1-201ENST00000298288 1745 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 AC021242.3-201ENST00000607598 1377 ntBASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 DISC1-205ENST00000366636 2224 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 DNAJC25-GNG10-201ENST00000374294 1448 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 CCNG2-204ENST00000502280 1459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.71■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 DIAPH1-203ENST00000389057 5762 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.7■■□□□ 1.07
IFT88Q13099 OLFM1-205ENST00000371796 2492 ntTSL 2 BASIC21.7■■□□□ 1.06
IFT88Q13099 CRLF3-201ENST00000324238 2957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
IFT88Q13099 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
IFT88Q13099 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC21.7■■□□□ 1.06
IFT88Q13099 ZBTB7A-201ENST00000322357 5422 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
IFT88Q13099 KCTD1-202ENST00000408011 2103 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
IFT88Q13099 CTNND2-201ENST00000304623 5481 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
IFT88Q13099 STMN4-201ENST00000265770 1250 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.7■■□□□ 1.06
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