Protein–RNA interactions for Protein: Q12874

SF3A3, Splicing factor 3A subunit 3, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 501 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SF3A3Q12874 TTLL3-227ENST00000482269 882 ntTSL 216.47■□□□□ 0.232e-6■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 SARDH-204ENST00000371872 3344 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.43□□□□□ -0.16e-8■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 SARDH-207ENST00000439388 3216 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC13.34□□□□□ -0.276e-8■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 SH3D21-203ENST00000480549 3182 ntTSL 217.76■□□□□ 0.439e-10■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 PLXNB2-213ENST00000610984 3443 ntTSL 5 BASIC12.67□□□□□ -0.382e-7■■■■■ 37.7
SF3A3Q12874 ACO2-201ENST00000216254 2741 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC14.38□□□□□ -0.112e-6■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ACO2-202ENST00000396512 2811 ntTSL 5 BASIC13.6□□□□□ -0.232e-6■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 POLE-220ENST00000544692 2221 ntTSL 522.42■■□□□ 1.181e-6■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 POLE-206ENST00000534922 1660 ntTSL 318.85■□□□□ 0.611e-6■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ZDHHC8-202ENST00000334554 5046 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.48■□□□□ 0.556e-13■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ZDHHC8-207ENST00000472497 909 ntTSL 215.22■□□□□ 0.036e-13■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ZDHHC8-203ENST00000405930 3112 ntTSL 2 BASIC15.08■□□□□ 06e-13■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ZDHHC8-201ENST00000320602 3072 ntTSL 5 BASIC14.47□□□□□ -0.096e-13■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ZDHHC8-205ENST00000468112 524 ntTSL 312.08□□□□□ -0.486e-13■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ZDHHC8-206ENST00000469212 625 ntTSL 312.08□□□□□ -0.486e-13■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 VARS-224ENST00000479051 612 ntTSL 318.62■□□□□ 0.574e-7■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 VARS-218ENST00000459667 793 ntTSL 318.62■□□□□ 0.574e-7■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ARVCF-211ENST00000495096 2549 ntTSL 220.28■□□□□ 0.841e-7■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ARVCF-204ENST00000406522 2682 ntTSL 5 BASIC17.83■□□□□ 0.441e-7■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ARVCF-201ENST00000263207 4041 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.21■□□□□ 0.351e-7■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ARVCF-202ENST00000401994 2700 ntTSL 5 BASIC16.83■□□□□ 0.281e-7■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 ARVCF-203ENST00000406259 2871 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.14■□□□□ 0.171e-7■■■■■ 37.6
SF3A3Q12874 MAN2C1-205ENST00000562067 710 ntTSL 512.25□□□□□ -0.456e-36■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 CHD6-203ENST00000373233 10818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.24□□□□□ -1.252e-6■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SNORD89-201ENST00000390981 114 ntBASIC1□□□□□ -2.251e-323■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 MPV17-214ENST00000475085 503 ntTSL 29.74□□□□□ -0.854e-12■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-205ENST00000404814 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.47□□□□□ -0.255e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-220ENST00000636712 1485 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.95□□□□□ -0.55e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-203ENST00000393088 1885 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.78□□□□□ -0.525e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-209ENST00000449399 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.62□□□□□ -0.555e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-207ENST00000440909 3144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.96□□□□□ -0.665e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-202ENST00000393087 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.9□□□□□ -0.665e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-201ENST00000355814 3236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.74□□□□□ -0.695e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-206ENST00000437397 3340 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.77□□□□□ -0.855e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 SERPINA1-208ENST00000448921 3532 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.51□□□□□ -0.895e-17■■■■■ 37.5
SF3A3Q12874 AP5Z1-207ENST00000496303 5660 ntTSL 218.43■□□□□ 0.541e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 AP5Z1-201ENST00000348624 2901 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC15.79■□□□□ 0.121e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 AP5Z1-204ENST00000477680 3081 ntTSL 214.79□□□□□ -0.041e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 ACLY-205ENST00000588547 471 ntTSL 38.05□□□□□ -1.122e-10■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 RALY-204ENST00000413297 766 ntTSL 517.96■□□□□ 0.471e-7■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 SRPK1-207ENST00000505885 566 ntTSL 23.7□□□□□ -1.825e-17■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.772e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.49■■□□□ 1.512e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 ABCC1-206ENST00000574761 996 ntTSL 211.47□□□□□ -0.571e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 MYO1C-203ENST00000438665 4898 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.275e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 JADE3-204ENST00000614628 4934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC19.11■□□□□ 0.655e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 USP33-202ENST00000370792 2917 ntTSL 1 (best) BASIC15.54■□□□□ 0.085e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 MYO1C-218ENST00000575158 4804 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC15.35■□□□□ 0.055e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 TCIRG1-207ENST00000528981 755 ntTSL 514.78□□□□□ -0.045e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 MYO1C-202ENST00000361007 4734 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC14.19□□□□□ -0.145e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 USP33-203ENST00000370793 4502 ntTSL 1 (best) BASIC14.07□□□□□ -0.165e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 MYO1C-201ENST00000359786 5145 ntTSL 1 (best) BASIC13.86□□□□□ -0.195e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 USP33-204ENST00000370794 4327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.23□□□□□ -0.295e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NUP214-207ENST00000476004 502 ntTSL 312.67□□□□□ -0.385e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 MYO1C-204ENST00000545534 3676 ntTSL 2 BASIC12.5□□□□□ -0.415e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NUP214-219ENST00000528406 393 ntTSL 312.28□□□□□ -0.445e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NUP214-203ENST00000451030 5021 ntTSL 1 (best) BASIC12.14□□□□□ -0.475e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 KIFC3-214ENST00000563266 568 ntTSL 211.65□□□□□ -0.545e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NUP214-204ENST00000453861 3208 ntTSL 511.01□□□□□ -0.655e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 PPP1R10-202ENST00000461593 566 ntTSL 210.21□□□□□ -0.775e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NUP214-201ENST00000359428 7600 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.57□□□□□ -0.885e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NUP214-202ENST00000411637 7538 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.71□□□□□ -1.025e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 NUP214-208ENST00000483497 3275 ntTSL 2 BASIC8.18□□□□□ -1.15e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 JADE3-203ENST00000611250 4713 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC7.24□□□□□ -1.255e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 USP33-205ENST00000461986 954 ntTSL 36.97□□□□□ -1.295e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 MYO1C-215ENST00000574341 541 ntTSL 26.09□□□□□ -1.435e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 PPP1R10-203ENST00000468181 333 ntTSL 25.48□□□□□ -1.535e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 USP33-209ENST00000481579 2866 ntTSL 25.18□□□□□ -1.585e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 USP33-201ENST00000357428 4155 ntTSL 5 BASIC3.97□□□□□ -1.775e-6■■■■■ 37.4
SF3A3Q12874 ZNF496-201ENST00000294753 5336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.49■□□□□ 0.392e-6■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 ZNF496-203ENST00000462139 9243 ntTSL 1 (best)11.12□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 ZNF496-202ENST00000461277 3857 ntTSL 1 (best)9.24□□□□□ -0.932e-6■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 PRMT5-213ENST00000553897 1857 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.323e-7■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 PRMT5-201ENST00000216350 2271 ntTSL 2 BASIC21.76■■□□□ 1.073e-7■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 PRMT5-204ENST00000397441 2418 ntTSL 2 BASIC20.46■□□□□ 0.873e-7■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 PRMT5-203ENST00000397440 1907 ntTSL 1 (best) BASIC16.77■□□□□ 0.283e-7■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 PRMT5-214ENST00000553915 1931 ntTSL 216.7■□□□□ 0.263e-7■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 PRMT5-202ENST00000324366 2531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.95□□□□□ -0.343e-7■■■■■ 37.3
SF3A3Q12874 AP1M1-202ENST00000429941 1578 ntTSL 2 BASIC16.09■□□□□ 0.179e-7■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 AP1M1-211ENST00000590756 1705 ntTSL 5 BASIC14.37□□□□□ -0.119e-7■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 AP1M1-203ENST00000444449 2311 ntTSL 1 (best) BASIC13.88□□□□□ -0.199e-7■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 AP1M1-201ENST00000291439 13193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.29□□□□□ -1.089e-7■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 TONSL-203ENST00000613741 1713 ntTSL 5 BASIC15.87■□□□□ 0.138e-7■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 HECTD4-202ENST00000377560 15759 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC12.2□□□□□ -0.463e-8■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 HECTD4-211ENST00000550722 15450 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.65□□□□□ -1.353e-8■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 DDX5-207ENST00000578400 575 ntTSL 512.86□□□□□ -0.356e-7■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 DDX5-227ENST00000583894 712 ntTSL 27.82□□□□□ -1.166e-7■■■■■ 37.2
SF3A3Q12874 UAP1L1-202ENST00000409858 3365 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.31■□□□□ 0.522e-8■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 UAP1L1-201ENST00000360271 3201 ntTSL 2 BASIC14.32□□□□□ -0.122e-8■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 MICALL2-204ENST00000467394 2080 ntTSL 220.92■□□□□ 0.941e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAZ-222ENST00000617701 770 ntTSL 322.64■■□□□ 1.213e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAZ-224ENST00000621647 986 ntTSL 216.87■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAZ-221ENST00000616020 815 ntTSL 516.84■□□□□ 0.293e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAZ-206ENST00000476679 783 ntTSL 316.63■□□□□ 0.253e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAZ-207ENST00000476800 518 ntTSL 516.32■□□□□ 0.23e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAZ-210ENST00000483780 388 ntTSL 59.91□□□□□ -0.823e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 TAZ-208ENST00000479875 399 ntTSL 39.4□□□□□ -0.93e-6■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 ACTN1-216ENST00000556083 4674 ntTSL 1 (best)11.19□□□□□ -0.624e-7■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 CAPN12-212ENST00000601953 2381 ntTSL 5 BASIC23.86■■□□□ 1.412e-10■■■■■ 37.1
SF3A3Q12874 PTGES2-202ENST00000338961 2331 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.352e-10■■■■■ 37.1
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