Protein–RNA interactions for Protein: P56524

HDAC4, Histone deacetylase 4, humanhuman

Predictions only

Length 1,084 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDAC4P56524 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
HDAC4P56524 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 SCN1B-206ENST00000638536 1600 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 HES3-201ENST00000377898 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 MADCAM1-208ENST00000621286 1203 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FOXJ1-201ENST00000322957 2641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 ADCK2-203ENST00000476491 2092 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 LINC00565-201ENST00000562710 2331 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 CDC37L1-202ENST00000381858 1244 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FNDC11-204ENST00000615526 2954 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 PCSK6-220ENST00000622483 3132 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 HMBS-201ENST00000278715 1501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 GADD45G-202ENST00000375769 977 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 OTUB1-212ENST00000543988 1259 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 AC006538.2-201ENST00000586572 543 ntAPPRIS P1 TSL 4 BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 RELL2-205ENST00000518856 1419 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 ZNF419-203ENST00000354197 1569 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 CDKN2D-201ENST00000335766 1086 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 PRR16-202ENST00000407149 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 CDIPT-201ENST00000219789 2353 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 POLR2J3-220ENST00000613744 2096 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 LIN7B-202ENST00000391864 582 ntTSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 AC008443.4-201ENST00000503314 456 ntTSL 4 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 CKMT1B-207ENST00000441322 1747 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 LHPP-202ENST00000368842 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 LINC01574-201ENST00000512115 560 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 NKX2-2-AS1-201ENST00000549659 638 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 C11orf96-201ENST00000339446 1308 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 LRRC75A-203ENST00000470794 1390 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 ANKRD11-217ENST00000613312 1584 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 NRXN2-204ENST00000377559 6413 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 A1BG-201ENST00000263100 1722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.19
HDAC4P56524 NPAS3-210ENST00000551492 2817 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 CHST7-201ENST00000276055 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 MRPL46-201ENST00000312475 1019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 HYI-206ENST00000372434 1025 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 LHPP-203ENST00000392757 840 ntTSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 LRRC75A-AS1-202ENST00000470491 1057 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 ZFYVE28-207ENST00000509171 1135 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 CTAG1A-201ENST00000593606 993 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 AVPR2-203ENST00000370049 1307 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 TMCC2-209ENST00000637895 1455 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 RNF166-202ENST00000537718 1525 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 LHFPL3-202ENST00000424859 1852 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
HDAC4P56524 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 19 ms