Protein–RNA interactions for Protein: A6NC98

CCDC88B, Coiled-coil domain-containing protein 88B, humanhuman

Predictions only

Length 1,476 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC88BA6NC98 OIP5-201ENST00000220514 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 CYP2T1P-201ENST00000432607 1285 ntBASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 CBWD6-201ENST00000377391 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 PURG-201ENST00000339382 2693 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 TPM1-204ENST00000334895 1637 ntTSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 PROSER2-205ENST00000622831 1646 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.85■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 MAP1LC3A-202ENST00000374837 961 ntTSL 3 BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 RGMA-211ENST00000557420 989 ntTSL 3 BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 MCRIP1-204ENST00000570507 765 ntTSL 2 BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 MCRIP1-208ENST00000575061 618 ntTSL 5 BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 SPRTN-201ENST00000008440 1667 ntTSL 2 BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 NOXO1-201ENST00000354249 1618 ntTSL 1 (best) BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 EEF1DP3-203ENST00000566025 782 ntBASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 F2RL3-202ENST00000599210 613 ntTSL 2 BASIC37.84■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 SIRT3-202ENST00000524564 1395 ntTSL 2 BASIC37.83■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC37.83■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 VGLL2-201ENST00000326274 2212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 MFSD7-203ENST00000404286 1826 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.83■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 LIMD2-202ENST00000578061 756 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.83■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 FRMD8-203ENST00000416776 1818 ntTSL 2 BASIC37.82■■■■□ 3.65
CCDC88BA6NC98 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.82■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AC105036.2-201ENST00000569468 176 ntBASIC37.82■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 IGSF21-201ENST00000251296 1943 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 KRT7-201ENST00000331817 1754 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.8■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 SNAP23-210ENST00000564153 775 ntTSL 2 BASIC37.8■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 MRPL37-206ENST00000605337 1582 ntTSL 5 BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 COA6-202ENST00000366613 641 ntTSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 DHRS4-202ENST00000397074 785 ntTSL 5 BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 YBEY-204ENST00000397692 433 ntTSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 DDN-AS1-201ENST00000547395 858 ntTSL 2 BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AC068987.5-201ENST00000642069 987 ntAPPRIS P1 BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 NOC4L-201ENST00000330579 1632 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.79■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 TRABD2A-203ENST00000409520 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 NAA20-201ENST00000310450 920 ntTSL 2 BASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 SPDYE2-201ENST00000341656 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 SPDYE2B-202ENST00000455020 1219 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AP004607.7-201ENST00000527152 1677 ntBASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 MEIS3-212ENST00000561293 1918 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.78■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 EFCAB6-202ENST00000356087 1129 ntTSL 5 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 LINC01816-201ENST00000414141 662 ntTSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 ZPBP-201ENST00000046087 1213 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AC013268.1-206ENST00000638368 961 ntBASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AC112229.1-201ENST00000639295 961 ntBASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AC133041.1-202ENST00000642053 222 ntBASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AC068338.2-201ENST00000563278 1430 ntBASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 CBWD3-202ENST00000377342 1665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 WIPF1-207ENST00000410117 777 ntTSL 3 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 SERTAD4-AS1-201ENST00000437764 726 ntTSL 1 (best) BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 AC007322.4-201ENST00000509611 723 ntBASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 PLLP-204ENST00000569059 665 ntTSL 3 BASIC37.77■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC37.76■■■■□ 3.64
CCDC88BA6NC98 DBP-201ENST00000222122 2229 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 AL136982.7-201ENST00000609363 465 ntTSL 4 BASIC37.75■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 TMEM44-211ENST00000473092 1508 ntTSL 1 (best) BASIC37.75■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 CENPN-201ENST00000299572 1398 ntTSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 LINC00526-201ENST00000581067 1875 ntBASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 SMNDC1-201ENST00000369592 1110 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 NOXO1-203ENST00000397280 1147 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 SLC7A5P1-201ENST00000568957 537 ntBASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 MYO19-221ENST00000620640 1186 ntTSL 2 BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 TBCB-214ENST00000629269 413 ntTSL 5 BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 R3HDM4-203ENST00000587975 1765 ntTSL 3 BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 PGF-206ENST00000555567 1927 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.74■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 AVPI1-201ENST00000370626 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 DTYMK-201ENST00000305784 1232 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 ULK4P1-204ENST00000565949 721 ntTSL 4 BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 SLC26A5-209ENST00000393735 1947 ntTSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 TMEM185A-207ENST00000600449 2840 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.73■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 HTATIP2-208ENST00000532505 595 ntTSL 2 BASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 GGTLC3-201ENST00000619998 968 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 AP006587.3-201ENST00000525742 1516 ntBASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 BST1-202ENST00000382346 1993 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 C22orf34-203ENST00000405854 1593 ntTSL 5 BASIC37.72■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 MAPK9-206ENST00000425491 2266 ntTSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 PHLDB3-207ENST00000599242 2286 ntTSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 INTS11-205ENST00000429572 1104 ntTSL 2 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 KLHDC9-201ENST00000368011 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 C12orf42-208ENST00000548883 1336 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 AKR7A2-201ENST00000235835 1362 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 GUK1-201ENST00000312726 1084 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 FXN-202ENST00000396364 980 ntTSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 ALKBH6-212ENST00000485128 959 ntTSL 5 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 AC008443.6-201ENST00000512508 500 ntTSL 4 BASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 AC008687.6-201ENST00000596318 630 ntBASIC37.71■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 UBE2E3-201ENST00000392415 1347 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC37.7■■■■□ 3.63
CCDC88BA6NC98 MANBAL-202ENST00000373606 1208 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC37.7■■■■□ 3.63
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 28 ms