Protein–RNA interactions for Protein: Q96MF4

CCDC140, Coiled-coil domain-containing protein 140, humanhuman

Predictions only

Length 163 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC140Q96MF4 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 UBALD1-208ENST00000591401 1305 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ZNF37BP-201ENST00000435805 1695 ntTSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FAM72A-202ENST00000367128 2398 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FAM72D-201ENST00000400889 2397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AC092384.1-201ENST00000378347 1812 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CCDC115-202ENST00000409127 1247 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 GRAMD4P2-201ENST00000423297 1097 ntBASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SSPN-204ENST00000535504 419 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SYNGR3-206ENST00000618464 1213 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 PPT2-244ENST00000324816 2053 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RNF180-201ENST00000296615 1727 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ATP8A1-207ENST00000510289 2238 ntTSL 1 (best) BASIC16.76■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AZIN2-204ENST00000373443 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 NEIL1-206ENST00000564784 2019 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ST3GAL4-215ENST00000532243 1825 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 HSPB2-201ENST00000304298 1335 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 LSR-202ENST00000354900 2105 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CTAG2-202ENST00000369585 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 INS-202ENST00000381330 597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AICDA-202ENST00000537228 667 ntTSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AL136967.2-201ENST00000623968 743 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RPL13-202ENST00000393099 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ALDH6A1-201ENST00000350259 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SELENOO-201ENST00000380903 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SELENOO-203ENST00000611222 2311 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RASA4CP-201ENST00000424092 1398 ntBASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 BBC3-202ENST00000341983 1538 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CBWD6-213ENST00000613716 1820 ntTSL 1 (best) BASIC16.75■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SETD9-211ENST00000628593 1306 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 STX10-202ENST00000343587 1128 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AP003419.1-201ENST00000535922 470 ntTSL 3 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 MCRIP1-205ENST00000572645 1038 ntTSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 GRM6-202ENST00000517717 2673 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 TMEM51-203ENST00000400796 1842 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ALDH5A1-204ENST00000491546 1699 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 TCF3-203ENST00000395423 2779 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 IL15RA-206ENST00000397248 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.74■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FARP2-223ENST00000627550 2122 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CCDC107-205ENST00000421582 1324 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 CACYBP-201ENST00000367679 2766 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 TMEM5-201ENST00000261234 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 NPTXR-201ENST00000333039 5784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 LAMTOR1-201ENST00000278671 1179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SLC26A1-203ENST00000398520 1111 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 HSPE1-203ENST00000409729 478 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AC104564.5-201ENST00000584986 278 ntTSL 3 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 DIRAS1-202ENST00000585334 774 ntAPPRIS P1 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SKIDA1-201ENST00000444772 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RYK-208ENST00000620660 2942 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 MAGIX-207ENST00000615915 1757 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 KIF2A-202ENST00000401507 2539 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 P4HA3-202ENST00000427714 2248 ntTSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 FAM99A-202ENST00000538190 1989 ntBASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SIRT3-204ENST00000525319 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 C16orf58-209ENST00000567994 1845 ntTSL 5 BASIC16.73■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 EXOG-203ENST00000422077 1317 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 TSPY26P-201ENST00000476365 1326 ntBASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SH2D3A-201ENST00000245908 2296 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 C1orf174-201ENST00000361605 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 BCS1L-210ENST00000431802 2015 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 UBALD1-201ENST00000283474 1413 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 RCN2-202ENST00000394883 1366 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 KBTBD13-201ENST00000432196 1377 ntAPPRIS P1 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 BICDL2-201ENST00000389347 1811 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 DUSP9-202ENST00000370167 2289 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 SPN-202ENST00000395389 1935 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 PSMD7-201ENST00000219313 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 IRX4-201ENST00000231357 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
CCDC140Q96MF4 GMDS-202ENST00000380815 1752 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC16.72■□□□□ 0.27
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.9 ms