Protein–RNA interactions for Protein: Q96M95

CCDC42, Coiled-coil domain-containing protein 42, humanhuman

Predictions only

Length 316 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC42Q96M95 MIR210HG-201ENST00000500447 1965 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 POTEC-204ENST00000620346 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
CCDC42Q96M95 CADPS-202ENST00000357948 5190 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 POLR2F-205ENST00000442738 2106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ADCK2-201ENST00000072869 2377 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 NDUFV2-201ENST00000318388 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 RPL31-208ENST00000409733 825 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 MAGI2-AS3-201ENST00000414797 1072 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 C1orf232-201ENST00000634842 643 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 TUB-203ENST00000534099 1759 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 DBX2-201ENST00000332700 2806 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 PARD3-208ENST00000374789 6005 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 DTNBP1-201ENST00000338950 1880 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 DPYS-201ENST00000351513 2127 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 POLD2-218ENST00000610533 1619 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 KCNK12-201ENST00000327876 6227 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 MFSD6L-201ENST00000329805 2188 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 THOC6-202ENST00000326266 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 PCP4L1-201ENST00000504449 1424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 CENPB-201ENST00000379751 2840 ntAPPRIS P1 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 NKX6-1-202ENST00000515820 2194 ntTSL 3 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 IGFBP1-202ENST00000457280 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ANKRD13D-202ENST00000447274 2881 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 NKX2-5-201ENST00000329198 1709 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 CIZ1-206ENST00000372954 2731 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ACAA1-202ENST00000333167 1785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 FAM47E-201ENST00000424749 1484 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 B4GALNT1-202ENST00000418555 1861 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 EVA1B-201ENST00000270824 1054 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 LGALS9B-201ENST00000324290 1243 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 PCSK6-217ENST00000618548 4269 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 LONP1-203ENST00000585374 2882 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 YAP1-202ENST00000345877 5284 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ZNF331-202ENST00000411977 2248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 Z98882.1-201ENST00000622160 2253 ntBASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 EDC4-201ENST00000358933 4800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AC074143.1-203ENST00000518227 1473 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ZNF668-209ENST00000539836 2469 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 C1QL4-201ENST00000334221 2071 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 EML2-201ENST00000245925 2264 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 MAG-202ENST00000392213 2390 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 PHLDB2-210ENST00000478922 1861 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 LINC02175-201ENST00000571219 1875 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 FXYD3-201ENST00000344013 1404 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 TUB-201ENST00000299506 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ST3GAL4-213ENST00000530591 1459 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ORAI3-201ENST00000318663 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 ING1-201ENST00000333219 5119 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 BAD-203ENST00000394532 1157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AC241377.3-202ENST00000626088 1088 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AC241585.3-202ENST00000628937 1088 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AC245100.8-202ENST00000629247 1058 ntBASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 PDZRN4-202ENST00000402685 3347 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 MAIP1-201ENST00000295079 1495 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 EEF1D-203ENST00000419152 1452 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 CTU2-202ENST00000453996 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 EPHX3-204ENST00000602233 1805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 INPP1-201ENST00000322522 1919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 IRX4-207ENST00000613726 2403 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 MTCL1-201ENST00000306329 5718 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 AL031602.1-201ENST00000633169 911 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 GTSE1-AS1-202ENST00000623117 1518 ntBASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 FASTK-212ENST00000482571 1764 ntTSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 NKX3-2-201ENST00000382438 2801 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.21■■□□□ 1.31
CCDC42Q96M95 DUSP26-201ENST00000256261 1835 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TMEM98-206ENST00000579849 4434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 OAS3-205ENST00000548514 1392 ntTSL 2 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 AP1S1-201ENST00000337619 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 RARRES2P1-201ENST00000474487 481 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 MIR6724-1-201ENST00000616420 92 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 MIR6724-2-201ENST00000616483 92 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 MIR6724-4-201ENST00000617390 92 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 MIR6724-3-201ENST00000622482 92 ntBASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 ASAP2-202ENST00000315273 5582 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 RELA-201ENST00000308639 2681 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 IKBKG-212ENST00000617207 1949 ntAPPRIS ALT1 TSL 3 BASIC23.2■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 RARG-201ENST00000338561 1836 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 DOK3-202ENST00000357198 1729 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 SHMT1-203ENST00000354098 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.19■■□□□ 1.3
CCDC42Q96M95 TRIM3-214ENST00000536344 2704 ntTSL 2 BASIC23.19■■□□□ 1.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.8 ms