Protein–RNA interactions for Protein: Q53GG5

PDLIM3, PDZ and LIM domain protein 3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 364 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PDLIM3Q53GG5 MYCN-201ENST00000281043 2602 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 HCG18-235ENST00000426882 4862 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 AC144652.1-201ENST00000609974 1624 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CYC1-201ENST00000318911 1240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 ZDHHC16-205ENST00000370846 1280 ntTSL 3 BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TMEM61-201ENST00000371268 1097 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 SMIM29-205ENST00000468145 903 ntTSL 2 BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 SMIM29-207ENST00000481533 1053 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 AC022517.1-201ENST00000592429 346 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 C7orf49-203ENST00000430372 1579 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 FDFT1-201ENST00000220584 2176 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 WWC2-AS2-201ENST00000578387 2183 ntBASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 ASCC1-204ENST00000394915 1510 ntTSL 5 BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 SESN3-202ENST00000416495 1408 ntTSL 1 (best) BASIC17.81■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 XYLT1-201ENST00000261381 9891 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TMEM259-202ENST00000356663 2748 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TRIM67-203ENST00000449018 2166 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 ST7L-201ENST00000343210 1866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 BCL2L12-201ENST00000246784 990 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 FXYD7-201ENST00000270310 712 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 LRRC1-201ENST00000370882 808 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CD72-202ENST00000378430 585 ntTSL 3 BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 AC091305.1-201ENST00000479476 895 ntBASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 KRTAP5-4-202ENST00000616115 660 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TRAM2-AS1-204ENST00000606714 2453 ntTSL 2 BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 RNF39-202ENST00000376751 1970 ntTSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 DAZAP1-211ENST00000592522 2157 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 GUSB-201ENST00000304895 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.8■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TANGO2-210ENST00000432883 2084 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 C11orf96-202ENST00000528572 1834 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CDC20-202ENST00000372462 1777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 AC087742.1-201ENST00000575880 1738 ntBASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 MT2A-201ENST00000245185 786 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TRIM7-202ENST00000334421 1228 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CD47-202ENST00000361309 1285 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 AC062017.1-203ENST00000413029 455 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 SENP5-202ENST00000419026 973 ntTSL 3 BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 NR5A1-204ENST00000620110 2975 ntTSL 5 BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 XBP1-201ENST00000216037 1850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 EFCAB1-202ENST00000433756 2286 ntTSL 2 BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 SEPT8-207ENST00000378719 2889 ntTSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 DPH7-201ENST00000277540 1847 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 COMMD5-201ENST00000305103 1373 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.79■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 NELFCD-213ENST00000602795 2305 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 PPP3CC-202ENST00000289963 2135 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 ZNF568-208ENST00000586353 1902 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 RBM26-202ENST00000438724 5152 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 ZXDB-201ENST00000374888 5894 ntAPPRIS P1 BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CCDC166-201ENST00000542437 1320 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CREB3L3-205ENST00000602257 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 NPW-201ENST00000329610 498 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 C19orf60-201ENST00000358607 839 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 C19orf60-202ENST00000450195 702 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CD2AP-201ENST00000359314 5412 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TRIM54-202ENST00000380075 1967 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 PDLIM2-216ENST00000464275 1995 ntTSL 2 BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TLX2-201ENST00000233638 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 AP004608.1-202ENST00000533390 1863 ntTSL 1 (best) BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 KLHL29-203ENST00000486442 5287 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC17.78■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 MALT1-201ENST00000345724 2866 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 GPR137B-202ENST00000366592 2042 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TPM4-201ENST00000300933 2666 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 CRLF1-201ENST00000392386 1792 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 GPR157-201ENST00000377411 5265 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 SIMC1-202ENST00000341199 2056 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 FAM66C-208ENST00000541558 2087 ntTSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 PPA1-202ENST00000373232 1295 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC17.77■□□□□ 0.44
PDLIM3Q53GG5 RITA1-202ENST00000549621 2041 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.77■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 KHDRBS2-201ENST00000281156 2332 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.77■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 CLN6-201ENST00000249806 2243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 FBXO31-201ENST00000311635 5934 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 HEXB-201ENST00000261416 1901 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 MARK1-205ENST00000611084 5321 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 RPP38-201ENST00000378197 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 EFS-203ENST00000429593 2610 ntTSL 2 BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 MTCH2-201ENST00000302503 2587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 NKX2-8-201ENST00000258829 1261 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 TFPT-201ENST00000391757 774 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 TFPT-202ENST00000391758 804 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 SHISA9-205ENST00000639941 1135 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 NRL-203ENST00000397002 1976 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 VSX1-205ENST00000429762 1977 ntTSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 MYB-221ENST00000527615 2381 ntTSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 CDKN1C-202ENST00000414822 2051 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 IQCJ-SCHIP1-203ENST00000476809 1780 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 SOAT2-201ENST00000301466 2044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.76■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 ILDR2-205ENST00000526687 2299 ntTSL 5 BASIC17.75■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 PCDH8-202ENST00000377942 5088 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC17.75■□□□□ 0.43
PDLIM3Q53GG5 ARL13B-205ENST00000471138 2206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.75■□□□□ 0.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms